About: Structural studies of protein-RNA complexes involved in RNA quality control

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Structural studies of protein-RNA complexes involved in RNA quality control Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA204/08/1212
Description	To control the quality of RNA biogenesis in the nucleus, cells use sophisticated molecular machines. These machines recognize and degrade not only RNA trimmings-the leftovers of RNA processing-but also improperly processed RNAs that contain defects. Using this mechanism, cells ensure that only high-quality RNAs are engaged in protein synthesis and other cellular processes. One of the RNA quality-control pathways involves the exosome and the Trf4/Air2/Mtr4 polyadenylation (TRAMP) complex. The TRAMP complex stimulates activity of the exosome and recruit its RNA substrates. We aim to study how the TRAMP complex identifies the aberrant RNAs and thus recruits them for the degradation machinery. Here we propose to use multidimensional NMR spectroscopy to determine the three-dimensional structure of several protein-RNA complexes that are involved in RNA quality control apparatus. The project is focused on interactions of the RNA-binding subunits of the TRAMP complex and Trf4 with RNA substrates. The (en) Buňky si kontrolují kvalitu biogeneze RNA v jádře pomocí specializovaných molekulárních strojů. Tyto stroje rozeznávají a degradují zbytky RNA které jsou bočním produktem při zpracování RNA. Tyto stroje ale také degradují špatně zpracované a vadné RNA molekuly. Tyto mechanismy buňce zajištují, že pouze vysoce kvalitní RNA je využita k syntéze proteinů a v ostatních buněčných procesech. Jeden z mechanismů kontroly kvality RNA využívá exosom a Trf4/Air2/Mtr4 polyadenylační (TRAMP) komplex. Komplex zvanýTRAMP stimuluje aktivitu exosomu a rozeznává jeho substráty RNA. Budeme studovat jak komplex TRAMP identifikuje poškozenou RNA což je první a nezbytný krok k její degradaci. Navrhujeme použít multidimenzionální NMR spektroskopii k řešení 3D struktur několika komplexů mezi RNA a proteiny které se účastní mechanismu kontroly kvality RNA. Získané strukturní a funkční informace o studovaných systémech pomohou rozluštit kód, kterým buňky rozpoznávají a následně zničí poškozenou RNA.
Title	Structural studies of protein-RNA complexes involved in RNA quality control (en) Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA
skos:notation	GA204/08/1212
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F08%2F1212/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA204%2F08%2F1212/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-02-09 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	82299449
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	structural biology; NMR spectroscopy; structure; RNA recognition; RNA quality-control (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Přírodovědecká fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	8 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	8 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2010-04-16 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/204%2F08%2F1212
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2010
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2011
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02008GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2010-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2008-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Proteiny vázající RNA hrají důležitou roli při biogenezi RNA. Tyto proteiny rozpoznávají specifické sekvence RNA, rekrutují různé enzymy na specifická místa, řídí sbalování RNA do správných 3D konformací, nebo se například nespecificky nabalují na RNA a tím ji chrání před degradací. Jedním z klíčových faktorů v biogenezi nekódujících RNA je komplex exosom-TRAMP. Tento komplex také zprostředkovává (cs) RNA-binding proteins play an important role in RNA biogenesis. These proteins recognize specific sequences, recruit enzymes to the site of action, help RNA to adopt the correct fold, and prevent RNA degradation by sequestering it. One of the key factor in the biogenesis of non-coding RNA is the exosome-TRAMP complex. This complex is also involved in RNA quality control. It has a number (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	NMR spectroscopy RNA recognition structure structural biology
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	(1)H, (13)C, and (15)N chemical shift assignments for the RNA recognition motif of Nab3. 1H, 13C, and 15N chemical shift assignments of ZCCHC9 The Solution Structure of the ADAR2 dsRBM-RNA Complex Reveals a Sequence-Specific Readout of the Minor Groove 1H, 13C, and 15N resonance assignments for the CTD-Interacting Domain of Nrd1 bound to Ser5-phosphorylated CTD of RNA Polymerase II Structure and RNA binding of Nab3 Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F08%2F1212/2008/orjk%3A14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F08%2F1212/2009/orjk%3A14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F08%2F1212/2010/orjk%3A14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA204%2F08%2F1212/2011/orjk%3A14310

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software