The project is divided into the synthetic, biological and physico-chemical parts . In the synthetic part we intent to carry out the synthesis of bis-intercalator peptide library functionalized with 9-amino acridine and to prepare a peptide fragment from human prion protein (HuPrP106-26) which is able of the aggregation similarly to prion proteins in sick organisms. In the biological and physico-chemical part we will examine ability of bis-intercalator peptide library to prevent interaction of HuPrP106-26 with DNA (which is aggregation catalyst). We will further attempt to find out if any of select compounds prepared is able to dissociate prion peptide aggregates. In these experiment we will use fluorescent and dialysis method. (en)
Projekt je rozdělen na část syntetickou, biologickou a fyzikálně-chemickou. V syntetické časti hodláme připravit jednak knihovnu bis-interkalátorových peptidů modifikovaných 9-aminoakridinem, jednak peptidový fragment lidského prionového proteinu (HuPrP106-26), který je schopen agregace tak jako prionové proteiny v nakažených jedincích. V biologické a fyzikálně-chemické části budeme testovat schopnost bis-interkalátorové knihovny peptidů zabránit interakci HuPrP106-26 s DNA, která katalyzuje jehoagregaci. Dále se pokusíme ověřit zda-li jsou schopny některé z takto získaných látek schopny vzniklé agregáty rozštěpit. K testování bude využito fluorescenčních a dialyzačních metod.
The optimization of the most efficient peptide sequence in conjugates with bis-9-aminoacridines leads to construction of libraries with thousands of conjugates. Their affinity to DNA can be tested using fluorescence procedures described. After mini-libr (en)
Optimalizace nejvhodnější peptidové sekvence v konjugátech s bis-9-aminoakridinem vedla k přípravě knihoven obsahujících tisíce konjugátů, jejichž afinita k DNA mohla být testována fluorescenčními postupy popsanými dříve. Po přípravě mini-knihovny sestav (cs)