About: Plant transposable elements and DNA conformation

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Plant transposable elements and DNA conformation Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA15-02891S
Description	Transpozony jsou významnou součástí rostlinných genomů ovlivňující jejich fungování i evoluci. U některých druhů tvoří až 90% genomu. Transpozony obsahují důležité regulační oblasti, o nichž bylo nedávno zjištěno, že obsahují sekvence schopné tvořit vícevláknové konformace DNA - kvadruplexy a triplexy. V rámci navrhovaného projektu budeme podrobně studovat výskyt kvadruplexů v hlavních rodinách transpozonů (u LTR- a nonLTR retrotranspozonů) u osekvenovaných druhů rostlin. Schopnost vybraných sekvencí tvořit kvadruplexy budeme ověřovat pomocí cirkulárního dichroismu. V kvasinkách a poté i v Arabidopsis thaliana budeme sledovat vliv transpozonových kvadruplexů na expresi reportérového genu a na aktivitu transpozonů. Protože kvadruplexy a triplexy ovlivňují rekombinaci DNA, budeme sledovat jak jejich výskyt v transpozonech souvisí s umístěním transpozonů v genomu, zejména v oblastech se sníženou rekombinací nebo bez rekombinace (například chromosom Y). Naše výsledky přispějí k pochopení úlohy neobvyklých konformací DNA v životním cyklu transpozonů i jejich dopadu na rostlinný genom. Transposable elements (TEs) constitute a significant part of plant genomes and affect their function and evolution. In some plants, they represent up to 90% of the genome. TEs have regulatory regions that often contain sequences with the potential to form multi-stranded DNA, like quadruplexes and triplexes. We propose studying the distribution of quadruplexes in the main TE families (LTR- and nonLTR retrotransposons) in completely sequenced plant genomes. The ability of selected sequences to form quadruplex DNA will be verified by circular dichroism. We will use yeasts and Arabidopsis thaliana to study the effect of TE-originating quadruplexes on expression of the reporter gene and on the activity of TEs. Because quadruplexes and triplexes influence DNA recombination, we will investigate how their occurrence in TEs is related to the location of TEs in the genome, especially in regions with lower or no recombination (e.g. Y chromosome). Our results will contribute to understanding the role of non-B DNA conformations in the TE life cycle and their impact on the plant genome. (en)
Title	Plant transposable elements and DNA conformation (en) Rostlinné transpozony a konformace DNA
skos:notation	GA15-02891S
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA15-02891S/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA15-02891S/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-23 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100802665
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	transposable elements; plant genomes; DNA conformation; quadruplex DNA; sex chromosomes (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	0 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	0 (xsd:int)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/15-02891S
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA0201500001
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVZ
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2017-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2015-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	Z
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	transposable elements DNA conformation quadruplex DNA plant genomes
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA15-02891S/2015/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA15-02891S/2015/orjk%3A14330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA15-02891S/2016/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA15-02891S/2016/orjk%3A14330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA15-02891S/2017/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA15-02891S/2017/orjk%3A14330

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 92 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software