About: Biotyping of phytopathogens of cultivated plants using mass spectrometry and identification of protein markers of infection

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Biotyping of phytopathogens of cultivated plants using mass spectrometry and identification of protein markers of infection Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=7AMB12AT018
Description	Fungi cause diseases of important crops. Their diagnostics is based on host specificity, symptoms and microscopy. Our joined team recently investigated an alternative based on intact cell mass spectrometry. This requires only a small amount of the material and takes the advantage of easy sample processing and fast data interpretation. Using two model pathogens, we have developed a methodology for both sample preparation and measurement on the instrument. For around ten microorganisms, we have obtained a library of protein mass spectra, which is available for taxonomic identification of field isolates. In the frame of a continuation project, we would like to finalize the methodology for biotyping of plant pathogens by direct measurements from infected material (leaf, stem) that would allow fast, cheap and reliable diagnostics. The studied microorganisms will be extended to pathogens of hop and grapevine. We also plan to discover infection biomarkers using detailed analysis of fungal surface proteins. (en) Plísně jsou původci onemocnění důležitých plodin. Jejich diagnostika je založena na specifičnosti hostitele, symptomech a mikroskopii. V poslední době jsme se v rámci společného týmu věnovali alternativnímu postupu založeném na hmotnostní spektrometrii intaktních buněk plísní. Je třeba pouze malého množství materiálu a využívá se jednoduchého zpracování vzorku a rychlé interpretace dat. Na dvou modelových patogenech byla vypracována metodika přípravy vzorku a postup měření. Pro řadu mikroorganismů jsme získali knihovnu proteinových spekter, která je k dispozici pro taxonomickou identifikaci izolátů z terénních sběrů. V rámci pokračovacího projektu chceme dokončit vývoj metodiky pro biotypizaci rostlinných patogenů měřením přímo z infikovaného materiálu (listy, stonek), což umožní rychlou, levnou a spolehlivou diagnostiku. Studované mikroorganismy budou rozšířeny o patogeny chmele a vinné révy. Důkladnou analýzou povrchových proteinů patogenů bychom rovněž chtěli odhalit biomarkery infekce.
Title	Biotyping of phytopathogens of cultivated plants using mass spectrometry and identification of protein markers of infection (en) Biotypizace fytopatogenů kulturních rostlin pomocí hmotnostní spektrometrie a identifikace proteinových markerů infekce
skos:notation	7AMB12AT018
http://linked.open...avai/cep/aktivita	The sixth framework programme of the European Community for research, technological development and demonstration activities
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/7AMB12AT018/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/7AMB12AT018/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2014-06-30 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	RP - Spolufinancování programu ES
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100623158
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CE - Biochemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	biotyping; imaging; mass spectrometry; microorganism; phytopathogen; protein; proteomics (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Přírodovědecká fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2013-02-18 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/MSMT-2956%2F2012-36
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2013
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2014
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2013-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EF - Botanika GF - Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2012-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	This project is being realized in the framework of the MOBILITY Activity that aims primarily on establishing and strenghtening ties with foreign research institutions. The control of particular outputs is not implemented by the evalution committee, but the correctness of allocated finances and the adequacy of their use are checked. (en) Projekt je realizován v rámci Aktivity MOBILITY, jejímž hlavním cílem je navázání a prohlubování kontaktů se zahraničními výzkumnými institucemi. Neprobíhá tedy kontrola dílčích výstupů projektu prostřednictvím hodnotící komise, avšak je kontrolována správnost čerpání přidělených financí a přiměřenost jejich využití. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZKU
http://linked.open...n/vavai/cep/vyzva	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/vyzva/FP6-2002-Mobility-12
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	biotyping imaging mass spectrometry microorganism protein phytopathogen
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	BIOSPEAN: A freeware tool for processing spectra from MALDI intact cell/spore mass spectrometry BIOSPEAN: A freeware tool for processing spectra from MALDI intact cell/spore mass spectrometry Identification of fungal microorganisms by MALDI-TOF mass spectrometry
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/7AMB12AT018/2012/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/7AMB12AT018/2013/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/7AMB12AT018/2014/orjk%3A15310

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software