Real Time PCR is a technique of choice, which allows quantitative measurement of target template molecule - DNA/mRNA. Quantitative determination of the presence of a fungal pathogen in the leaf tissue is one of the possibility of application of the method. Such information is important for the investigation of plant-pathogen interaction and in some cases can be used to determine the quantity of pathogen present in derived food. Using Drechslera terez as a model object, optimisation of individual steps included in the development of standard method based on TaqMan probe approach will be carried out. TaqMan probes will be based on species-specific and form-specific sequences. The data will be obtained using sequencing of species and form-specific AFLP bands. Alternatively sequences of active genes will be analysed. Set of monosporiadial cultures of D. teres and related species will be used to gain the data. Along with that, information on occurrence and variability of different forms of pathogen wi (en)
Real Time PCR je jednou z moderních technik, která umožňuje kvantitativně stanovit přítomnost určitého typu DNA/mRNA templátu. Jednou z možností aplikace této metody je i kvantifikace přítomnosti houbového patogena v listových pletivech. Tato informaceje významná pro studium interakce patogen - hostitel pro stanovení stupně napadení a v některých případech také následně i pro stanovení kvantity patogena v odvozených produktech (potravinách). V rámci projektu budou na modelu Drechslera terez optimalizovány jednotlivé kroky, které vedou k přípravě metodiky založené na využití TaqMan sond pro kvantifikaci. TaqMan sondy budou odvozeny z druhově specifických sekvencí získaných analýzou souboru monosporidiálních kultur a příslušných kontrol příbuznýchdruhů metodou AFLP a analýzou vybraných publikovaných sekvencí patogena. Současně bude získán částečný přehled o výskytu forem patogena v ČR a o jeho proměnlivosti. Jedná se o vysoce moderní přístup k řešení této problematiky (cs)