Rye is commonly used in wheat breeding and improvement as a source of resistance to abiotic stress, diseases and insects. In most cases short arm of rye chromosome 1 (1RS) is transferred into wheat genome. Introgression of 1RS into wheat genome has also some negative effects. 1RS was found in more than 300 wheat cultivars. Genes underlying these agronomicaly important traits have not identified, yet. Analysis of rye genome is complicated by its large size (1C ~ 8 000 Mbp). In contrast short arm of rye chromosome 1 (~ 400 Mbp) represents only 5% of rye genome. Aim of this project is construction of cytogenetic map of 1RS and development of Chromosome Sequence Tag (CSTs) markers. Availability of cytogenetic map can accelerate construction of physical map and isolation of agronomicaly important genes. CSTs provide for study of cereals genomes evolution, detection and identification of deletion of 1RS and screening for short 1RS fragments in wheat genome. (en)
Žito seté využívá při šlechtění pšenice jako zdroj rezistence vůči abiotickému stresu, chorobám a škůdcům. Nejčastěji se k přenosu těchto vlastností využivá krátké rameno chromozómu 1 žita (1RS). Vnesení 1RS do genomu pšenice má i některé negativní dopady na kvalitu mouky. Přítomnost 1RS v genomu pšenice byla prokázána u více než 300 odrůd. Geny podmiňující tyto vlastnosti nebyli dosud izolovány. Analýza genomu žita je komplikována jeho značnou velikostí (1C ~ 8 000 Mbp). Oproti tomu 1RS představuje pouze 5% genomu žita (~ 400 Mbp). Cílem tohoto projektu je konstrukce cytogenetické mypy krátkého ramene chromozómu 1R a odvození Chromosome Sequence Tag (CST) markerů pro lokalizované cytogenetické markery. Existence cytogenetické mapy urychlí konstrukci fyzické mapy 1RS a kontigů z BAC klonů. V konečném důsledku urychlí izolaci hospodářsky významných genů. Získané CST markery umožní studium evoluce genomu obilovin, detekci a identifikaci delecí 1RS a vyhledávání krátkých fragmentů 1RS (cs)