About: Pospiviroid pathogenesis as “regulatory disorder“ mediated by viroid-specific small RNAs.

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Pospiviroid pathogenesis as “regulatory disorder“ mediated by viroid-specific small RNAs. Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
Description	We will analyze mechanisms of pathogenesis of two viroids (small, infectious, single-stranded, circular, non-coding and autonomously replicating RNAs) from Pospiviroidae family: potato spindle tuber viroid (PSTVd) infecting various crops, vegetables and ornamentals and highly expansive hop stunt viroid (HSVd) that, in particular, represents a danger to hops in Europe. Based on our previous study, we aim to verify the hypothesis that pathogenesis caused by pospiviroids involve viroid-specific (vs) small RNAs, mis-regulation of host-encoded microRNAs and plant transcription factors (TFs). To analyze the mechanism(s) of viroid pathogenesis we perform: 1. “deep” sequencing of small RNAs; 2. prediction of vsRNA targets in silico including the whole genome data of PSTVd-sensitive tomato recently available; 3. verification of vsRNA molecular targets, components of silencing mechanisms and TFs involved in pospiviroid pathogenesis by quantitative RNA expression assays, promoter activity assays and by virus-induced gene silencing technology (VIGS) using N. benthamiana, tomato and hop. (en) V projektu budeme analyzovat mechanismy patogeneze dvou viroidů (malých infekčních, jednořetězcových, cirkulárních, nekódujících a autonomě se replikukjících molekul RNA) z čeledi Pospiviroidae: viroidu vřetenovitosti hlíz bramboru (PSTVd)-choroby řady plodin, druhů zeleniny i okrasných rostlin a expanzivního viroidu zakrslosti chmele (HSVd), nebezpečného zejména pro pěstování chmele v Evropě. Na základě našeho předešlého studia chceme dále ověřit hypotézu, že viroidní patogeneze zahrnuje tvorbu malých viroid-specifických (vs) RNA, jejichž interakce vedou k poruchám regulace tzv. mikro RNA a transkripčních regulačních faktorů (TF) hostitele. Pro analýzu těchto mechanismů provedeme 1. tzv. „hluboké“ sekvenvání malých molekul RNA; 2. predickci cílových molekul pro vsRNA in silico zejména díky srovnání s výsledky dostupného celogenomového sekvenování genotypu rajčete citlivého k PSTVd; 3. ověření molekulárních cílů vsRNA kvantitativními metodami anlýzy exprese RNA, TF, promotorové aktivity a technologií viry indukované suprese genů (VIGS) u druhu N. benthamiana, rajčete a chmelu. (cs)
Title	Pospiviroid pathogenesis as “regulatory disorder“ mediated by viroid-specific small RNAs. (en) Pospiviroidní patogeneze jako regulační porucha zprostředkovaná malými viroid-specifickými RNA. (cs)
http://linked.open...vai/cislo-smlouvy	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/smlouva/P501/10/J018
http://linked.open...lsi-vedlejsi-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/ED
http://linked.open...avai/druh-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/druh-souteze/VS
http://linked.open...domain/vavai/faze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/faze/54721845
http://linked.open...vavai/hlavni-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/EB
http://linked.open...vai/vedlejsi-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/GF
http://linked.open...vavai/id-aktivity	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/aktivita/GC
http://linked.open.../vavai/id-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/soutez/SGA02010GA1GC
http://linked.open...n/vavai/kategorie	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/kategorie/1
http://linked.open...vai/klicova-slova	viroid; viroid; disease; gene; silencing; miRNA; transcription; factors; H.; lupulus; S.; lycopersicum (en)
http://linked.open...avai/konec-reseni	2012-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...nujicich-prijemcu	0 (xsd:integer)
http://linked.open...avai/poskytovatel	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/poskytovatel/GA0
http://linked.open...avai/start-reseni	2010-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...ai/statni-podpora	3116 (xsd:integer)
http://linked.open...vavai/typProjektu	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/typ/P
http://linked.open...ai/uznane-naklady	3116 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-prijemcu	1 (xsd:integer)
http://linked.open...cet-spoluprijemcu	0 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-vysledku	5 (xsd:integer)
http://linked.open...ku-zverejnovanych	5 (xsd:integer)
is http://linked.open...ain/vavai/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2010/GCP501/10/J018/ico-60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2011/GCP501/10/J018/ico-60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2012/GCP501/10/J018/ico-60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2013/GCP501/10/J018/ico-60077344

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 41 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2025 OpenLink Software