About: """Expressed Sequence Tags"" in oxymonads – multigene phylogenetic analysis of eukaryotes and study of the importance of lateral gene transfer in the evolution of protists"

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: """Expressed Sequence Tags"" in oxymonads – multigene phylogenetic analysis of eukaryotes and study of the importance of lateral gene transfer in the evolution of protists" Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
Description	Express Sequence Tag (EST) sequencing is a popular for studies of protists, as it allows fast generation large amount of genetic data. The approach is based on the construction of a DNA library and the sequencing of ca 10-20 thousand random clones. We have already a high quality cDNA library of an oxymonad – one of the least studied groups of eukaryotes – and our international collaborators have sequenced 3000 ESTs as a pilot. The aim of the project is to sequence an additional 5000 ESTs to fully utilize the gene-discovery potential of this library. These data will serve as an excellent base for subsequent projects in our laboratory, and will create a firm ground for collaboration as well as for the genome sequencing proposal. The first projects based on these data will be 1) inference of the phylogenetic position of oxymonads using more than 100 genes 2) screening for genes that have experienced lateral gene transfer in the oxymonad lineage using software developed during the project. (en) "Sekvenace ""Expressed Sequence Tags"" (EST) je velmi využívaná pro studium prvoků, protože dovoluje rychle získat velké množství genetických dat. Spočívá v konstrukci cDNA knihovny a sekvenaci obvykle 10-20ti tisíc náhodně vybraných klonů. Máme k dispozici kvalitní cDNA knihovnu z oxymonády – bičíkovce, patřícího k nejméně studovaným eukaryotickým organismům. Ve spolupráci se zahraničními laboratořemi jsme již pilotně osekvenovali 3000 EST. Cílem projektu je osekvenovat dalších asi 5000 EST a plně tak využít potenciálu knihovny. Tato data poskytnou naší začínající laboratoři výborný materiál pro následné projekty a pevný základ pro zahraniční i domácí spolupráci i pro zamýšlený návrh na sekvenaci genomu. Prvními projekty založenými na EST datech budou: 1) Určení postavení oxymonád na fylogenetickém stromu eukaryot pomocí analýzy sta a více genů; 2) vyhledávání genů, které prodělaly v linii vedoucí k oxymonádám horizontální přenos pomocí softwaru, který vyvineme v průběhu projektu." (cs)
Title	"""Expressed Sequence Tags"" in oxymonads – multigene phylogenetic analysis of eukaryotes and study of the importance of lateral gene transfer in the evolution of protists" (en) """Expressed Sequence Tags"" u oxymonád - multigenová fylogenetická analýza eukaryot a studium významu horizontálního genového přenosu v evoluci prvoků" (cs)
http://linked.open...vai/cislo-smlouvy	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/smlouva/KJB501110801
http://linked.open...lsi-vedlejsi-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/IN
http://linked.open...avai/druh-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/druh-souteze/VS
http://linked.open...domain/vavai/faze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/faze/53181436
http://linked.open...vavai/hlavni-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/EE
http://linked.open...vai/vedlejsi-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/EB
http://linked.open...vavai/id-aktivity	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/aktivita/KJ
http://linked.open.../vavai/id-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/soutez/SAV02008-B
http://linked.open...n/vavai/kategorie	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/kategorie/1
http://linked.open...vai/klicova-slova	EST; oxymmonads; phylogenetics; bioinformatics; eukaryotic evolution; lateral gene transfer; protozoa; protists; software (en)
http://linked.open...avai/konec-reseni	2010-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...nujicich-prijemcu	0 (xsd:integer)
http://linked.open...avai/poskytovatel	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/poskytovatel/AV0
http://linked.open...avai/start-reseni	2008-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...ai/statni-podpora	1184 (xsd:integer)
http://linked.open...vavai/typProjektu	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/typ/P
http://linked.open...ai/uznane-naklady	1184 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-prijemcu	1 (xsd:integer)
http://linked.open...cet-spoluprijemcu	0 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-vysledku	1 (xsd:integer)
http://linked.open...ku-zverejnovanych	1 (xsd:integer)
is http://linked.open...ain/vavai/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2008/KJB501110801/orjk-11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2009/KJB501110801/orjk-11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2010/KJB501110801/orjk-11310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2011/KJB501110801/orjk-11310

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software