| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| Description
| - Cílem projektu je vytvoření výpočetní jednotky pro vizualizaci proteinových struktur, simulaci molekulární dynamiky a pro predikci vztahů mezi proteinovou strukturou a funkcí. Předpokladem je realizace stanice vybavené kvalitním hardwarovým a softwarovým vybavením, která by byla schopná flexibilně reagovat na rostoucí požadavky řady laboratoří. V rámci praktických výstupů chceme s využitím počítačového modelování určit a detekovat aminokyselinové zbytky, jež zprostředkovávají vzájemnou interakci H4-H5 smyček Na,K-ATPázy v E1 a v E2 konformaci. Tuto interakci není možné vizualizovat experimentálně, neboť není možné exprimovat H4-H5 smyčku alfa-podjednotky Na,K-ATPázy v E2 konformaci. Průběžným cílem je i nezbytné vytvoření počítačového modelu Na,K-ATPázy v E2 konformaci. Počítačové modelování je jedinou možností vizualizace interakce, což je klíčové pro pochopení molekulárního mechanismu funkce enzymu. Vedle této interakce bude studován i molekulární mechanismus fosforylace enzymu. (cs)
- The main goal of the proposal is to develop the laboratory of the protein structure modelling and of the molecular dynamics simulation equipped with and adequate hardware and software. Such a laboratory has to be flexible enough to reflect growing demands of other laboratories to visualize details of the protein structure and molecular dynamics. The practical goal will be a contribution to understanding of the molecular mechanism of the transport function of Na, K-ATPase, namely determination of amino acid residues involved in the interaction of the H4-H5 loops of Na, K-ATPase in e1 and E2 conformations. To achieve this goal, the model of the enzyme structure in E2 conformation has to bu calculated. Computer modelling is the only way to visualize such an interaction due to experimation of the H4-H5 loop solely in E1 conformation. Determination of such an interaction is a key point to understand the enzyme function. Molecular mechanism of the enzyme phosphorylation will also be studied. (en)
|
| Title
| - Proteinové počítačové modelování a simulace molekulární dynamiky (cs)
- Protein computer modeling and molecular dynamics simulation (en)
|
| http://linked.open...vai/cislo-smlouvy
| |
| http://linked.open...lsi-vedlejsi-obor
| |
| http://linked.open...avai/druh-souteze
| |
| http://linked.open...domain/vavai/faze
| |
| http://linked.open...vavai/hlavni-obor
| |
| http://linked.open...vai/vedlejsi-obor
| |
| http://linked.open...vavai/id-aktivity
| |
| http://linked.open.../vavai/id-souteze
| |
| http://linked.open...n/vavai/kategorie
| |
| http://linked.open...vai/klicova-slova
| - Computer protein modeling; molecular dynamic simulation; protein structure and function relation; Na; K-ATPase; ATP-binding site; ATP-binding; phosphorylation; dynamic fluorescence (en)
|
| http://linked.open...avai/konec-reseni
| |
| http://linked.open...nujicich-prijemcu
| |
| http://linked.open...avai/poskytovatel
| |
| http://linked.open...avai/start-reseni
| |
| http://linked.open...ai/statni-podpora
| |
| http://linked.open...vavai/typProjektu
| |
| http://linked.open...ai/uznane-naklady
| |
| http://linked.open...ai/pocet-prijemcu
| |
| http://linked.open...cet-spoluprijemcu
| |
| http://linked.open...ai/pocet-vysledku
| |
| http://linked.open...ku-zverejnovanych
| |
| is http://linked.open...ain/vavai/projekt
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)