Attributes | Values |
---|
rdf:type
| |
Description
| - Objevování biologicky vysvětlitelné znalosti z dat genové exprese je jedním z nejaktuálnějších současných genomických problémů. Oproti globálním metodám jako jsou shlukování nebo dvojshlukování pracujeme s lokální znalostí - vzory. Jde o podmnožiny genů s podobným chováním nad jistými podmnožinami bilogických situací. Pracujeme s rozsáhlými daty a kandidátské vzory musí být posuzovány i z hlediska jejich koherence se stávajícími znalostmi. Tu hodnotíme na základě omezení definovaných apriorní znalostí - genovými ontologiemi nebo textovými popisy. Článek představuje metodologii pro vyhledávání častých vzorů ze SAGE dat. (cs)
- Current analyses of co-expressed genes are often based on global approaches such as clustering or bi-clustering. An alternative way is to employ local methods and search for patterns - sets of genes displaying specific expression properties in a set of situations. The main bottleneck of this type of analysis is twofold - computational costs and an overwhelming number of candidate patterns which can hardly be further exploited. A timely application of background knowledge available in literature databases, biological ontologies and other sources can help to focus on the most plausible patterns only. The paper proposes, implements and tests a flexible constraint-based framework that enables the effective mining and representation of meaningful over-expression patterns representing intrinsic associations among genes and biological situations.
- Current analyses of co-expressed genes are often based on global approaches such as clustering or bi-clustering. An alternative way is to employ local methods and search for patterns - sets of genes displaying specific expression properties in a set of situations. The main bottleneck of this type of analysis is twofold - computational costs and an overwhelming number of candidate patterns which can hardly be further exploited. A timely application of background knowledge available in literature databases, biological ontologies and other sources can help to focus on the most plausible patterns only. The paper proposes, implements and tests a flexible constraint-based framework that enables the effective mining and representation of meaningful over-expression patterns representing intrinsic associations among genes and biological situations. (en)
|
Title
| - Constraint-based knowledge discovery from SAGE data
- Využití omezení při získávání znalostí ze SAGE dat (cs)
- Constraint-based knowledge discovery from SAGE data (en)
|
skos:prefLabel
| - Constraint-based knowledge discovery from SAGE data
- Využití omezení při získávání znalostí ze SAGE dat (cs)
- Constraint-based knowledge discovery from SAGE data (en)
|
skos:notation
| - RIV/68407700:21230/08:03141950!RIV09-MSM-21230___
|
http://linked.open...avai/riv/aktivita
| |
http://linked.open...avai/riv/aktivity
| - P(MEB020818), Z(MSM6840770012)
|
http://linked.open...iv/cisloPeriodika
| |
http://linked.open...vai/riv/dodaniDat
| |
http://linked.open...aciTvurceVysledku
| |
http://linked.open.../riv/druhVysledku
| |
http://linked.open...iv/duvernostUdaju
| |
http://linked.open...titaPredkladatele
| |
http://linked.open...dnocenehoVysledku
| |
http://linked.open...ai/riv/idVysledku
| - RIV/68407700:21230/08:03141950
|
http://linked.open...riv/jazykVysledku
| |
http://linked.open.../riv/klicovaSlova
| - SAGE data; backround knowledge; constraints; gene expression data; pattern mining (en)
|
http://linked.open.../riv/klicoveSlovo
| |
http://linked.open...odStatuVydavatele
| |
http://linked.open...ontrolniKodProRIV
| |
http://linked.open...i/riv/nazevZdroje
| - In Silico Biology - An International Journal on Computational Molecular Biology
|
http://linked.open...in/vavai/riv/obor
| |
http://linked.open...ichTvurcuVysledku
| |
http://linked.open...cetTvurcuVysledku
| |
http://linked.open...vavai/riv/projekt
| |
http://linked.open...UplatneniVysledku
| |
http://linked.open...v/svazekPeriodika
| |
http://linked.open...iv/tvurceVysledku
| - Kléma, Jiří
- Blachon, S.
- Cremilleux, B.
- Gandrillon, O.
- Soulet, A.
|
http://linked.open...n/vavai/riv/zamer
| |
issn
| |
number of pages
| |
http://localhost/t...ganizacniJednotka
| |