About: Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	skos:Concept http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek
Description	Objemovou rekonstrukci využíváme pro vizualizaci biologických preparátů, které jsou větší, než je velikost zorného pole a/nebo silnější v tloušťce než je hloubka průniku laserového paprsku konfokálního mikroskopu. Tlusté preparáty je nutno nakrájet na fyzické řezy mikrotomem, avšak krájení způsobuje deformaci a ztrátu části informace prořezem, které vedou k chybám následné objemové rekonstrukce. Pro získání informace o deformaci jsme USB mikroskopem Dino-Lite zaznamenali řezné plochy preparátu zalitého v parafinu před jeho nakrájením, tj. bez deformací. Po nasnímání fyzických řezů vyhodnocujeme chybu deformace pomocí Prokrustovy vzdálenosti, která kvantifikuje střední kvadratickou vzdálenost tvarů vyjádřených pomocí bodů (cs) We performed both volume reconstructions using images captured by the USB microscope and images captured by the confocal microscope. We manually marked important corresponding structures in both reconstructed data sets, and computed distances between corresponding structures, assuming that structures in the reconstruction from USB microscope data are without deformations. According to our expectations, the main errors of high-resolution volume reconstruction (from confocal data) are in the direction of physical cutting (vary in units of millimeters) and in the direction perpendicular to cutting due to off-cut (vary in tenths of millimeters) We performed both volume reconstructions using images captured by the USB microscope and images captured by the confocal microscope. We manually marked important corresponding structures in both reconstructed data sets, and computed distances between corresponding structures, assuming that structures in the reconstruction from USB microscope data are without deformations. According to our expectations, the main errors of high-resolution volume reconstruction (from confocal data) are in the direction of physical cutting (vary in units of millimeters) and in the direction perpendicular to cutting due to off-cut (vary in tenths of millimeters) (en)
Title	Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images Ohodnocení chyby objemové rekonstrukce biologických vzorků z konfokálních obrazů (cs) Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images (en)
skos:prefLabel	Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images Ohodnocení chyby objemové rekonstrukce biologických vzorků z konfokálních obrazů (cs) Error Assesment of Volume Reconstruction of Biological Specimen from Confocal Microscopy Images (en)
skos:notation	RIV/67985823:_____/08:00313831!RIV09-AV0-67985823
http://linked.open...avai/riv/aktivita	P Z
http://linked.open...avai/riv/aktivity	P(GA102/08/0691), P(IAA100110502), P(IAA500200510), P(LC06063), Z(AV0Z50110509)
http://linked.open...vai/riv/dodaniDat	2009
http://linked.open...aciTvurceVysledku	Čapek, Martin Janáček, Jiří Kubínová, Lucie
http://linked.open.../riv/druhVysledku	D - Článek ve sborníku
http://linked.open...iv/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open...titaPredkladatele	Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...dnocenehoVysledku	366466
http://linked.open...ai/riv/idVysledku	RIV/67985823:_____/08:00313831
http://linked.open...riv/jazykVysledku	eng - angličtina
http://linked.open.../riv/klicovaSlova	error assessment; volume reconstruction (en)
http://linked.open.../riv/klicoveSlovo	volume reconstruction error assessment
http://linked.open...ontrolniKodProRIV	[2C75D976C2DA]
http://linked.open...v/mistoKonaniAkce	Prague
http://linked.open...i/riv/mistoVydani	Praha
http://linked.open...i/riv/nazevZdroje	CTU REPORTS : Proceedings of Workshop 2008
http://linked.open...in/vavai/riv/obor	JD
http://linked.open...ichTvurcuVysledku	3 (xsd:int)
http://linked.open...cetTvurcuVysledku	5 (xsd:int)
http://linked.open...vavai/riv/projekt	Visualization and processing of 3D images captured by a confocal microscope using graphics processor unit programming and virtual reality Flurescence microscopy in biological and medical research Spatial statistics of 3D confocal images of capillary network Hyperthermia and anticancer immunomodulation: morpho-functional study of microenvironmental interactions in melanoma model
http://linked.open...UplatneniVysledku	2008
http://linked.open...iv/tvurceVysledku	Janáček, Jiří Kubínová, Lucie Čapek, Martin Smrčka, P. Hána, K.
http://linked.open...vavai/riv/typAkce	CST - Celostátní
http://linked.open.../riv/zahajeniAkce	2008-02-18 (xsd:date)
http://linked.open...n/vavai/riv/zamer	Výzkum molekulárních a buněčných základů fyziologických a patofyziologických procesů s cílem objasnit mechanismy vzniku závažných onemocnění člověka
number of pages	2 (xsd:int)
http://purl.org/ne...btex#hasPublisher	Česká technika - nakladatelství ČVUT
https://schema.org/isbn	978-80-01-04016-4

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 48 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software