| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| Description
| - We developed 74 microsatellite marker primer pairs yielding 76 polymorphic loci, specific for the short arm of rye chromosome 1R (1RS) in wheat background. Four libraries enriched for microsatellite motifs AG, AAG, AC and AAC were constructed from DNA of flow-sorted 1RS chromosomes and 1,290 clones were sequenced. Additionally, 2,778 BAC-end-sequences from a 1RS specific BAC library were used for microsatellite screening and marker development. From 724 designed primer pairs, 119 produced 1RS specific bands and 74 of them showed polymorphism in a set of ten rye genotypes. We show that this high attrition rate was due to the highly repetitive nature of the rye geonome consisting of a large number of transposable elements. We mapped the 76 polymorphic loci physically into three regions (bins) on 1RS; 29, 30 and 17 loci were assigned to the distal, intercalary and proximal regions of the 1RS arm, respectively. The average polymorphism information content increases with distance from the centromere, w...
- We developed 74 microsatellite marker primer pairs yielding 76 polymorphic loci, specific for the short arm of rye chromosome 1R (1RS) in wheat background. Four libraries enriched for microsatellite motifs AG, AAG, AC and AAC were constructed from DNA of flow-sorted 1RS chromosomes and 1,290 clones were sequenced. Additionally, 2,778 BAC-end-sequences from a 1RS specific BAC library were used for microsatellite screening and marker development. From 724 designed primer pairs, 119 produced 1RS specific bands and 74 of them showed polymorphism in a set of ten rye genotypes. We show that this high attrition rate was due to the highly repetitive nature of the rye geonome consisting of a large number of transposable elements. We mapped the 76 polymorphic loci physically into three regions (bins) on 1RS; 29, 30 and 17 loci were assigned to the distal, intercalary and proximal regions of the 1RS arm, respectively. The average polymorphism information content increases with distance from the centromere, w... (en)
- Vyvinuli jsme 74 mikrosatelitových markerů specifických pro krátké rameno chromozómu 1R (1RS) žita. Čtyři knihovny DNA obohacené o mikrosatelity AG, AAG, AC a AAC byly konstruovány z chromozómů 1RS a z nich bylo sekvenováno 1 290 klonů. Mimo to bylo pro screening mikrosatelitů a vývoj markerů použito 2 778 koncových sekvencí klonů z BAC knihovny specifické pro 1RS. Ze 724 navržených párů primerů dávalo 119 z nich produkty specifické pro 1RS a 74 z nich bylo polymorfních u deseti genotypů žita. Fyzicky jsme mapovali 76 polymorfních lokusů ve třech oblastech 1RS. Pozorovaná informativnost markerů stoupala se vzdáleností od centromery, což lze vysvětlit rostoucí frekvencí rekombinace podél chromozómu směrem k teloméře. Naše výsledky rovněž ukazují, že variabilita délky mikrosatelitů koreluje s jejich polymorfismem. Na základě těchto výsledků doporučujeme u druhů, u kterých je dostatek genomových sekvencí, analyzovat variabilitu délky mikrosatelitů před vlastním odvozováním mikrosatelitových markerů. (cs)
|
| Title
| - Development of microsatellite markers specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1
- Vývoj mikrosatelitových markerů specifických pro chromozóm 1 krátkého ramene žita (Secale cereale L.) (cs)
- Development of microsatellite markers specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1 (en)
|
| skos:prefLabel
| - Development of microsatellite markers specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1
- Vývoj mikrosatelitových markerů specifických pro chromozóm 1 krátkého ramene žita (Secale cereale L.) (cs)
- Development of microsatellite markers specific for the short arm of rye (Secale cereale L.) chromosome 1 (en)
|
| skos:notation
| - RIV/61389030:_____/08:00322579!RIV09-AV0-61389030
|
| http://linked.open...avai/riv/aktivita
| |
| http://linked.open...avai/riv/aktivity
| - P(GA521/04/0607), P(GP521/06/P412), Z(AV0Z50380511)
|
| http://linked.open...iv/cisloPeriodika
| |
| http://linked.open...vai/riv/dodaniDat
| |
| http://linked.open...aciTvurceVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/druhVysledku
| |
| http://linked.open...iv/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open...titaPredkladatele
| |
| http://linked.open...dnocenehoVysledku
| |
| http://linked.open...ai/riv/idVysledku
| - RIV/61389030:_____/08:00322579
|
| http://linked.open...riv/jazykVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/klicovaSlova
| - NON-LTR RETROTRANSPOSONS; ORYZA-SATIVA L.; PLANT GENOMES (en)
|
| http://linked.open.../riv/klicoveSlovo
| |
| http://linked.open...odStatuVydavatele
| - DE - Spolková republika Německo
|
| http://linked.open...ontrolniKodProRIV
| |
| http://linked.open...i/riv/nazevZdroje
| - Theoretical and Applied Genetics
|
| http://linked.open...in/vavai/riv/obor
| |
| http://linked.open...ichTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...cetTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...vavai/riv/projekt
| |
| http://linked.open...UplatneniVysledku
| |
| http://linked.open...v/svazekPeriodika
| |
| http://linked.open...iv/tvurceVysledku
| - Bartoš, Jan
- Doležel, Jaroslav
- Suchánková, Pavla
- Šimková, Hana
- Berenyi, M.
- Burg, K.
- Lelley, T.
- Kofler, R.
- Gong, L.
- Stift, G.
|
| http://linked.open...ain/vavai/riv/wos
| |
| http://linked.open...n/vavai/riv/zamer
| |
| issn
| |
| number of pages
| |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)