About: Stability of nucleic acid base pairs in organic solvents: Molecular dynamics, molecular dynamics/quenching, and correlated ab initio study

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Stability of nucleic acid base pairs in organic solvents: Molecular dynamics, molecular dynamics/quenching, and correlated ab initio study Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	skos:Concept http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Vysledek
Description	Za použití empirckých i ab initio metod jsme studovali povrchy potenciální energie a dynamickou strukturu nemethylovaných i methylovaných párů bází nukleových kyselin v přítomnosti molekul organických rozpouštědel – methanolu, dimethylsulfoxidu a chloroformu. Podobně jako v roztoku se ukazuje, že v přítomnosti methanolu jsou preferovány patrové interakce mezi bázemi, zatímco v nepolárním chloroformu jsou preferovány planární vodíkově vázané komplexy páru bází. (cs) The dynamic structure and potential energy surface of adenine thymine and guanine cytosine base pairs and their methylated analogues interacting with small number of organic solvents (methanol, dimethylsulfoxide and chloroform) were investigated by various theoretical approaches starting from the simple empirical methods to accurate ab initio quantum chemical calculations. All calculations confirmed previous experimental and theoretical results from the bulk solvents showing that whereas in chloroform the base pairs create hydrogen-bonded structures, in methanol, stacked structures are preferred. The dynamic structure and potential energy surface of adenine thymine and guanine cytosine base pairs and their methylated analogues interacting with small number of organic solvents (methanol, dimethylsulfoxide and chloroform) were investigated by various theoretical approaches starting from the simple empirical methods to accurate ab initio quantum chemical calculations. All calculations confirmed previous experimental and theoretical results from the bulk solvents showing that whereas in chloroform the base pairs create hydrogen-bonded structures, in methanol, stacked structures are preferred. (en)
Title	Stability of nucleic acid base pairs in organic solvents: Molecular dynamics, molecular dynamics/quenching, and correlated ab initio study Stability of nucleic acid base pairs in organic solvents: Molecular dynamics, molecular dynamics/quenching, and correlated ab initio study (en) Povrch potenciální energie párů nukleových kyselin v přítomnsoti organických ropzpouštědel – molekulová dynamika, quenching a přesné ab initio výpočty (cs)
skos:prefLabel	Stability of nucleic acid base pairs in organic solvents: Molecular dynamics, molecular dynamics/quenching, and correlated ab initio study Stability of nucleic acid base pairs in organic solvents: Molecular dynamics, molecular dynamics/quenching, and correlated ab initio study (en) Povrch potenciální energie párů nukleových kyselin v přítomnsoti organických ropzpouštědel – molekulová dynamika, quenching a přesné ab initio výpočty (cs)
skos:notation	RIV/61388963:_____/07:00090320!RIV08-AV0-61388963
http://linked.open.../vavai/riv/strany	2591;2609
http://linked.open...avai/riv/aktivita	P Z
http://linked.open...avai/riv/aktivity	P(GA203/05/0009), P(GD203/05/H001), P(KJB400550518), P(LC512), Z(AV0Z40550506)
http://linked.open...iv/cisloPeriodika	10
http://linked.open...vai/riv/dodaniDat	2008
http://linked.open...aciTvurceVysledku	Zendlová, Lucie Hobza, Pavel Kabeláč, Martin
http://linked.open.../riv/druhVysledku	J - Článek v odborném periodiku
http://linked.open...iv/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open...titaPredkladatele	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...dnocenehoVysledku	451971
http://linked.open...ai/riv/idVysledku	RIV/61388963:_____/07:00090320
http://linked.open...riv/jazykVysledku	eng - angličtina
http://linked.open.../riv/klicovaSlova	ab initio calculation; organic solvent; nucleobases; H-bonding; stacking (en)
http://linked.open.../riv/klicoveSlovo	ab initio calculation nucleobases stacking organic solvent H-bonding
http://linked.open...odStatuVydavatele	US - Spojené státy americké
http://linked.open...ontrolniKodProRIV	[D189383EBA25]
http://linked.open...i/riv/nazevZdroje	Journal of Physical Chemistry B
http://linked.open...in/vavai/riv/obor	CF
http://linked.open...ichTvurcuVysledku	3 (xsd:int)
http://linked.open...cetTvurcuVysledku	3 (xsd:int)
http://linked.open...vavai/riv/projekt	Center for biomolecules and complex molecular systems Experimental Study and Computer Modeling of the Structure and Function of the Complex Molecular Systems and Bio(macro)molecules Structure and dynamics of DNA nitrogeneous bases, base pairs, oligonucleotides and their complexes with water, ions and drugs Influence of the Enviroment on the Stability and Geometry of DNA Building Blocks
http://linked.open...UplatneniVysledku	2007
http://linked.open...v/svazekPeriodika	111
http://linked.open...iv/tvurceVysledku	Hobza, Pavel Kabeláč, Martin Zendlová, Lucie
http://linked.open...n/vavai/riv/zamer	Regulace biologických procesů: Chemické modulátory vybraných systémů významných pro medicínu a zemědělství
issn	1520-6106
number of pages	19 (xsd:int)

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 24 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software