| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| Description
| - Molecular methods are being increasingly applied to detect, quantify and study microbial population in food. The objective of the presented work was to develop a PCR-based method for quantitative determination of the L. delbrueckii subsp. bulgaricus and compare this method with classical plate count methods. Four pairs of primers were designed targeting the genes encoding N-acetylmuramidase and amidase. Primers were tested on positive and negative controls, PCR assays were optimized. As a specific probes, we selected primers labeled as LDB0224(1) targeting N-acetylmuramidase (Ldb_0224) of L. delbrueckii subsp. bulgaricus detection. Real-time PCR assays were developed for the absolute quantification of L. delbrueckii subsp. bulgaricus in broth and commercial yoghurts. Cultures quantification in broth obtained by qPCR differed significantly from classical bacterial counts. For example, enumeration using plating methods was 5.8 x 104 CFU?ml-1 contrary to 2.9 x 108 CFU?ml-1 obtained using qPCR. Higher cell number obtained by qPCR could be affected by the presence of intact DNA coming from dead cells. In contrast, the results of qPCR in commercial yoghurt were lower than results obtained by classical bacterial enumeration. This may indicate that DNA extraction from yogurts was insufficient or that qPCR assays were influenced by inhibitors. (en)
- Molekulární metody jsou stále více používány pro detekci, kvantifikaci a studium mikrobiálních populací v potravinách. Cílem této práce bylo navrhnout metodu založenou na PCR pro kvantitativní stanovení charakteristického druhu jogurtové kultury, L. delbrueckii subsp. bulgaricus, a porovnat ji se standardními plotnovými metodami. Byly navrženy čtyři páry primerů pro L. delbrueckii subsp. bulgaricus, které byly specifické pro geny zodpovědné za produkci enzymů N-acetylmuramidasy a amidasy. Specificita primerů byla testována na pozitivních a negativních kontrolách a PCR eseje byly optimalizovány. Jako specifický pár primerů pro L. delbrueckii subsp. bulgaricus byl vybrán primer kódující N-acetylmuramidasu (Ldb_0224), označený jako LDB0224(1). Byla vyvinuta metoda qPCR pro absolutní kvantifikaci L. delbrueckii subsp. bulgaricus. Tato metoda byla testována v bujonu a komerčně dostupných jogurtech. Stanovení pomocí qPCR a plotnových metod se v bujónu i komerčních jogurtech výrazně lišilo. Vyšší počty získané pomocí qPCR v bujónu mohou být ovlivněny přítomností mrtvých buněk. Naopak stanovení v komerčně dostupných jogurtech získané pomocí qPCR bylo nižší než u plotnové metody. Extrakce DNA nebyla pravděpodobně dostatečně efektivní a qPCR byla ovlivněna přítomnými inhibitory.
- Molekulární metody jsou stále více používány pro detekci, kvantifikaci a studium mikrobiálních populací v potravinách. Cílem této práce bylo navrhnout metodu založenou na PCR pro kvantitativní stanovení charakteristického druhu jogurtové kultury, L. delbrueckii subsp. bulgaricus, a porovnat ji se standardními plotnovými metodami. Byly navrženy čtyři páry primerů pro L. delbrueckii subsp. bulgaricus, které byly specifické pro geny zodpovědné za produkci enzymů N-acetylmuramidasy a amidasy. Specificita primerů byla testována na pozitivních a negativních kontrolách a PCR eseje byly optimalizovány. Jako specifický pár primerů pro L. delbrueckii subsp. bulgaricus byl vybrán primer kódující N-acetylmuramidasu (Ldb_0224), označený jako LDB0224(1). Byla vyvinuta metoda qPCR pro absolutní kvantifikaci L. delbrueckii subsp. bulgaricus. Tato metoda byla testována v bujonu a komerčně dostupných jogurtech. Stanovení pomocí qPCR a plotnových metod se v bujónu i komerčních jogurtech výrazně lišilo. Vyšší počty získané pomocí qPCR v bujónu mohou být ovlivněny přítomností mrtvých buněk. Naopak stanovení v komerčně dostupných jogurtech získané pomocí qPCR bylo nižší než u plotnové metody. Extrakce DNA nebyla pravděpodobně dostatečně efektivní a qPCR byla ovlivněna přítomnými inhibitory. (cs)
|
| Title
| - Determination of Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus using qPCR (en)
- Kvantitativní stanovení Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus pomocí qPCR
- Kvantitativní stanovení Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus pomocí qPCR (cs)
|
| skos:prefLabel
| - Determination of Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus using qPCR (en)
- Kvantitativní stanovení Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus pomocí qPCR
- Kvantitativní stanovení Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus pomocí qPCR (cs)
|
| skos:notation
| - RIV/60461373:22810/14:43898495!RIV15-MSM-22810___
|
| http://linked.open...avai/riv/aktivita
| |
| http://linked.open...avai/riv/aktivity
| |
| http://linked.open...vai/riv/dodaniDat
| |
| http://linked.open...aciTvurceVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/druhVysledku
| |
| http://linked.open...iv/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open...titaPredkladatele
| |
| http://linked.open...dnocenehoVysledku
| |
| http://linked.open...ai/riv/idVysledku
| - RIV/60461373:22810/14:43898495
|
| http://linked.open...riv/jazykVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/klicovaSlova
| - qPCR; Lactobacillus delbrueckii subsp bulgaricus (en)
|
| http://linked.open.../riv/klicoveSlovo
| |
| http://linked.open...ontrolniKodProRIV
| |
| http://linked.open...v/mistoKonaniAkce
| |
| http://linked.open...i/riv/mistoVydani
| |
| http://linked.open...i/riv/nazevZdroje
| - Celostátní přehlídky sýrů 2014 - Výsledky přehlídek a sborník příspěvků konference Mléko a sýry
|
| http://linked.open...in/vavai/riv/obor
| |
| http://linked.open...ichTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...cetTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...UplatneniVysledku
| |
| http://linked.open...iv/tvurceVysledku
| - Plocková, Milada
- Jebavá, Iva
- Mühlhansová, Andrea
|
| http://linked.open...vavai/riv/typAkce
| |
| http://linked.open.../riv/zahajeniAkce
| |
| number of pages
| |
| http://purl.org/ne...btex#hasPublisher
| - Vysoká škola chemicko-technologická v Praze
|
| https://schema.org/isbn
| |
| http://localhost/t...ganizacniJednotka
| |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)