| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| Description
| - Mikrobiální diversita a aktivita v prostředí je ovlivňována nejrůznějšími biotickými i abiotickými vlivy. Jedním z významných abiotických faktorů, které mohou ovlivňovat mikroorganismy vyskytující se v daném prostředí, je stres spojený s přítomností xenobiotik. Efektivita bakteriální biodegradace xenobiotik je závislá na enzymatické výbavě buňky. Jednotlivé enzymy se zejména liší v jejich aktivitě a v substrátové specifitě. Metagenomika umožňuje popsat diverzitu vybraných enzymů ve vzorku reálného prostředí. Namísto proteinů se pracuje s DNA, která je přepsána do proteinové sekvence. Odpadá tak problematická izolace proteinů i náročná manipulace s nimi. Velké množství dat, která jsou generována, je nutné zpracovat pomocí bioinformatických nástrojů. Cílem studie bylo popsat diverzitu genů kódujících funkční geny pro bifenyldioxygenasy (bphA) a benzoátdioxygenasy (benA) přítomné v kontaminované zemině (Lhenice, Česká Republika). Byla provedena pyrosekvenace amplikonů na systému GS FLX Titanium, kterým je možno získat několik tisíc sekvencí o délce až 700 bp. Ze souborů dat byly odstraněny záznamy s nízkou kvalitou a sekvence byly následně zpracovány bioinformatickými nástroji Functional Gene Pipeline. Výsledky získané v této práci ukázaly praktický přínos metagenomiky v environmentální mikrobiologii a bioremediačním výzkumu.
- Mikrobiální diversita a aktivita v prostředí je ovlivňována nejrůznějšími biotickými i abiotickými vlivy. Jedním z významných abiotických faktorů, které mohou ovlivňovat mikroorganismy vyskytující se v daném prostředí, je stres spojený s přítomností xenobiotik. Efektivita bakteriální biodegradace xenobiotik je závislá na enzymatické výbavě buňky. Jednotlivé enzymy se zejména liší v jejich aktivitě a v substrátové specifitě. Metagenomika umožňuje popsat diverzitu vybraných enzymů ve vzorku reálného prostředí. Namísto proteinů se pracuje s DNA, která je přepsána do proteinové sekvence. Odpadá tak problematická izolace proteinů i náročná manipulace s nimi. Velké množství dat, která jsou generována, je nutné zpracovat pomocí bioinformatických nástrojů. Cílem studie bylo popsat diverzitu genů kódujících funkční geny pro bifenyldioxygenasy (bphA) a benzoátdioxygenasy (benA) přítomné v kontaminované zemině (Lhenice, Česká Republika). Byla provedena pyrosekvenace amplikonů na systému GS FLX Titanium, kterým je možno získat několik tisíc sekvencí o délce až 700 bp. Ze souborů dat byly odstraněny záznamy s nízkou kvalitou a sekvence byly následně zpracovány bioinformatickými nástroji Functional Gene Pipeline. Výsledky získané v této práci ukázaly praktický přínos metagenomiky v environmentální mikrobiologii a bioremediačním výzkumu. (cs)
- In the environment, diversity and activity of microorganisms are influenced by a variety of stimuli. One of the most significant factors is the abiotic stress caused by the presence of xenobiotics. The efficiency of biodegradation depends on enzymatic capabilities of individual cells. Enzymes themselves differ in activity and substrate specificity. The use of metagenomics enables one to describe diversity of selected enzymes in environmental samples. It exploits DNA which is translated into protein sequences rather than proteins themselves; problematic issues such as protein isolation and protein handling are thereby omitted. Extreme amounts of data that are produced require powerful bioinformatics tools to be employed. The aim of this study was to investigate the diversity of functional genes encoding for biphenyl dioxygenases (bphA) and benzoate dioxygenases (benA) present in contaminated soil (Lhenice, Czech Republic). For the pyrosequencing of the genes, GS FLX Titanium system was applied. This system can generate thousands of sequences that can be up to ~700 bp long. Bad quality reads were removed using appropriate quality filters. Bioinformatics tools of Functional Gene Pipeline were employed to process the data. The diversity of functional genes discovered in this study showed sequence discrepancies with already known cultured biphenyl degraders. This indicates major bias of diversity analysis based solely on cultured microorganisms and highlights metagenomics as an effective tool of functional environmental microbiology. (en)
|
| Title
| - Diversita funkčních genů v kontaminované zemině
- Diversita funkčních genů v kontaminované zemině (cs)
- Functional gene diversity present in contamited soil (en)
|
| skos:prefLabel
| - Diversita funkčních genů v kontaminované zemině
- Diversita funkčních genů v kontaminované zemině (cs)
- Functional gene diversity present in contamited soil (en)
|
| skos:notation
| - RIV/60461373:22330/11:43891899!RIV12-MSM-22330___
|
| http://linked.open...avai/riv/aktivita
| |
| http://linked.open...avai/riv/aktivity
| - P(2B08031), P(ME09024), S, Z(MSM6046137305)
|
| http://linked.open...vai/riv/dodaniDat
| |
| http://linked.open...aciTvurceVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/druhVysledku
| |
| http://linked.open...iv/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open...titaPredkladatele
| |
| http://linked.open...dnocenehoVysledku
| |
| http://linked.open...ai/riv/idVysledku
| - RIV/60461373:22330/11:43891899
|
| http://linked.open...riv/jazykVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/klicovaSlova
| - 454 pyrosequencing; diversity; metagenomics; BenA; BphA (en)
|
| http://linked.open.../riv/klicoveSlovo
| |
| http://linked.open...ontrolniKodProRIV
| |
| http://linked.open...v/mistoKonaniAkce
| |
| http://linked.open...i/riv/mistoVydani
| |
| http://linked.open...i/riv/nazevZdroje
| - Inovativní sanační technologie ve výzkumu a praxi IV
|
| http://linked.open...in/vavai/riv/obor
| |
| http://linked.open...ichTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...cetTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...vavai/riv/projekt
| |
| http://linked.open...UplatneniVysledku
| |
| http://linked.open...iv/tvurceVysledku
| - Macek, Tomáš
- Macková, Martina
- Rídl, Jakub
- Strejček, Michal
- Cardenes, E.
- Musilová, Lucie
- Uhlík, Ondřej
|
| http://linked.open...vavai/riv/typAkce
| |
| http://linked.open.../riv/zahajeniAkce
| |
| http://linked.open...n/vavai/riv/zamer
| |
| issn
| |
| number of pages
| |
| http://purl.org/ne...btex#hasPublisher
| - Vodní zdroje Ekomonitor spol.s r.o.
|
| https://schema.org/isbn
| |
| http://localhost/t...ganizacniJednotka
| |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)