| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| Description
| - The article discusses principles of design of the microscope for applications in cell biology. There are discussed major aspects which need to be considered, namely the priority of the biological experiment over the optimisation of the optical setup. Consequently, main attention should be given to information content of the experiment. The biological cell is an asymptotically stable dynamic system, it is sensitive to exact performance of the sample preparation and reproducibility in the standard sense of chemistry and physics can never be achieved. In the lecture is proposed to use the general stochastic systems theory for description of dynamic behavior of living cell. It is given the reasoning why such approach is particularly applicable to the case living cell trajectory and how trajectory segments should be determined. Next it is described the method of point information gain (PIG) which may serve for general assessment of information content of an image. It is discussed why in the case of structured objects the use of Shannon entropy is not appropriate and why it is necessary to use Rényi entropy as appropriate information measure. Derived are formulas for point information gain entropy (PIE) and point information gain entropy density (PIE/points). These phenomenological variables may be used for mapping of the unknown state space of the dynamic structured object such as living cell, but in principle equally well for any dynamic structured object. Examples of utilisation of the method in real cell biology microscopy as well as examples on standard distributions are shown. (en)
- V článku jsou diskutovány principy návrhu mikroskopu pro aplikace v buněčné biologii. Jsou diskutovány hlavní problémy, především priorita biologického experimentu před optimalizací technického nebo optického uspořádání. Z toho vyplývá důraz, který je nutno klást na posouzení informačního obsahu experimentu. Živá buňka je asymptoticky stabilní systém a její přesný tvar a chování je citlivě závislé na počátečních podmínkách. Reprodukovatelnost ve stejném rozsahu jako v chemickém a fyzikálním experimentu není možno očekávat. Proto navrhujeme a zdůvodňujeme, proč je pro popis živé buňky zvláště vhodná obecná teorie stochastických systémů. Zmiňujeme se též o teoretické základně pro stanovení segmentu trajektorie takového systému. Dále je vysvětlena metoda výpočtu informačního příspěvku jednoho bodu (point information gain, PIG), která umožňuje stanovit informační obsah obrazu. Je vysvětlen způsob odvození této veličiny a zdůvodněno, proč je nutné použít Rényiho entropii jako správné měřítko informace. Odvozeny jsou též vzorce pro entropii informačního příspěvku (point information gain entropy, PIE) a hustotu entropie informačního příspěvku (point information gain entropy density, PIE/points). Tyto fenomenologické proměnné mohou být využity k popisu neznámého stavového prostoru dynamických objektů v živé buňce, ale v zásadě stejně tak dobře k popisu jakéhokoliv dynamického strukturovaného objektu. V článku jsou uvedeny příklady využití těchto veličin k popisu reálných živých buněk i standardních objektů známé struktury. V poslední části článku jsou uvedeny příklady technických vylepšení mikroskopu pro pozorování živých buněk a je navržen koncept univerzálního biologického mikroskopu. Tento mikroskop je v současnosti konstruován ve spolupráci s českými firmami. Z tohoto univerzálního návrhu jsou odvozeny jednoúčelové mikroskopy pro speciální využití v embryologii, neurologii a dalších disciplínách.
- V článku jsou diskutovány principy návrhu mikroskopu pro aplikace v buněčné biologii. Jsou diskutovány hlavní problémy, především priorita biologického experimentu před optimalizací technického nebo optického uspořádání. Z toho vyplývá důraz, který je nutno klást na posouzení informačního obsahu experimentu. Živá buňka je asymptoticky stabilní systém a její přesný tvar a chování je citlivě závislé na počátečních podmínkách. Reprodukovatelnost ve stejném rozsahu jako v chemickém a fyzikálním experimentu není možno očekávat. Proto navrhujeme a zdůvodňujeme, proč je pro popis živé buňky zvláště vhodná obecná teorie stochastických systémů. Zmiňujeme se též o teoretické základně pro stanovení segmentu trajektorie takového systému. Dále je vysvětlena metoda výpočtu informačního příspěvku jednoho bodu (point information gain, PIG), která umožňuje stanovit informační obsah obrazu. Je vysvětlen způsob odvození této veličiny a zdůvodněno, proč je nutné použít Rényiho entropii jako správné měřítko informace. Odvozeny jsou též vzorce pro entropii informačního příspěvku (point information gain entropy, PIE) a hustotu entropie informačního příspěvku (point information gain entropy density, PIE/points). Tyto fenomenologické proměnné mohou být využity k popisu neznámého stavového prostoru dynamických objektů v živé buňce, ale v zásadě stejně tak dobře k popisu jakéhokoliv dynamického strukturovaného objektu. V článku jsou uvedeny příklady využití těchto veličin k popisu reálných živých buněk i standardních objektů známé struktury. V poslední části článku jsou uvedeny příklady technických vylepšení mikroskopu pro pozorování živých buněk a je navržen koncept univerzálního biologického mikroskopu. Tento mikroskop je v současnosti konstruován ve spolupráci s českými firmami. Z tohoto univerzálního návrhu jsou odvozeny jednoúčelové mikroskopy pro speciální využití v embryologii, neurologii a dalších disciplínách. (cs)
|
| Title
| - Technické a teoretické aspekty mikroskopie živé buňky
- Technické a teoretické aspekty mikroskopie živé buňky (cs)
- Technical and theoretical aspects of live cell microscopy (en)
|
| skos:prefLabel
| - Technické a teoretické aspekty mikroskopie živé buňky
- Technické a teoretické aspekty mikroskopie živé buňky (cs)
- Technical and theoretical aspects of live cell microscopy (en)
|
| skos:notation
| - RIV/60076658:12520/12:43884959!RIV13-MSM-12520___
|
| http://linked.open...avai/riv/aktivita
| |
| http://linked.open...avai/riv/aktivity
| |
| http://linked.open...iv/cisloPeriodika
| |
| http://linked.open...vai/riv/dodaniDat
| |
| http://linked.open...aciTvurceVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/druhVysledku
| |
| http://linked.open...iv/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open...titaPredkladatele
| |
| http://linked.open...dnocenehoVysledku
| |
| http://linked.open...ai/riv/idVysledku
| - RIV/60076658:12520/12:43884959
|
| http://linked.open...riv/jazykVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/klicovaSlova
| - general stochastic system; state trajectory; image information content; microscope construction; live cell evolution dynamics (en)
|
| http://linked.open.../riv/klicoveSlovo
| |
| http://linked.open...odStatuVydavatele
| |
| http://linked.open...ontrolniKodProRIV
| |
| http://linked.open...i/riv/nazevZdroje
| |
| http://linked.open...in/vavai/riv/obor
| |
| http://linked.open...ichTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...cetTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...vavai/riv/projekt
| |
| http://linked.open...UplatneniVysledku
| |
| http://linked.open...v/svazekPeriodika
| |
| http://linked.open...iv/tvurceVysledku
| - Císař, Petr
- Náhlík, Tomáš
- Urban, Jan
- Vaněk, Jan
- Štys, Dalibor
|
| issn
| |
| number of pages
| |
| http://localhost/t...ganizacniJednotka
| |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)