| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| Description
| - Two duplicate LCMO loci were found in the genomic sequence of wheat chromosome 3B (FN564427) with using comparative in silico analysis. TAA_ctg0079b.00110.1 and TAA_ctg0079b.00120.1 are likely orthologous sequences of laccase 7 and laccase 8 on chromosome 1 of rice ( Oryza sativa ). The predicted proteins CBH32524.1 and CBH32524.1 are incorrectly annotated as precursors of L- ascorbate oxidase. The results suggest that these duplicated loci on chromosome 3B of wheat are the remains of genomic rearrangements, which can be dated to the period from 50 to 70 million years ago, ie before the divergence of the subfamilies Pooideae, Ehrhartoideae, Panicoideae. In the barley were identified probable orthologous fl-cDNA sequences AK359933 (for Lac7) and AK365328 (for Lac8). AK365328 represents only a partial sequence without domain pfam07731. Functional analysis of various forms of LMCO and study of their biochemical characteristics can identify structural changes that could be significant in terms of diversification of substrate activity and therefore for elimination of harmful substances. (en)
- Výsledky prokázaly vhodnost bioinformačních postupů pro vyhledávání analogických sekvencí u ječmene a pšenice, zvláště v případě sekvencí mnohočetných genových rodin, mezi které náleží i lakázy. V genomické sekvenci FN564427 chromozomu 3B pšenice (Triticum aestivum chromosome 3B-specific BAC library, contig ctg0079b) byly identifikovány dva duplikované lokusy pro LCMO, které jsou pravděpodobnými orthologními lokusy sekvencí lakázy 7 a lakázy 8 na chromozomu 1 rýže (Oryza sativa). Výsledky naznačují, že tyto duplikované lokusy na chromozomu 3B pšenice jsou pozůstatky genomové přestavby, kterou lze datovat do období před 50-70 miliony let, tj. před vznikem podčeledí Pooideae, Ehrhartoideae, Panicoideae. Tento závěr podporují i výsledky porovnání mikrosyntenie v okolí uvedených lokusů. Výsledky rovněž ukázaly na některé problémy elektronických anotačních dedikací, které v případech zde studovaných lokusů mohou být zavádějící, neboť oba lokusy jsou u pšenice anotovány chybně jako prekustory L-askorbát oxidázy. Získané poznatky umožní detekci alternativních členů genové rodiny pro multi-copper oxidázy (lakázy) u genových zdrojů a odrůd ječmene a pšenice. Funkční analýzy různých forem LMCO a studium jejich potenciálních biochemických charakteristik může identifikovat strukturální změny, které by mohly být významné z hlediska diversifikace substrátové aktivity a tím i jejich potenciálu pro eliminaci škodlivých látek.
- Výsledky prokázaly vhodnost bioinformačních postupů pro vyhledávání analogických sekvencí u ječmene a pšenice, zvláště v případě sekvencí mnohočetných genových rodin, mezi které náleží i lakázy. V genomické sekvenci FN564427 chromozomu 3B pšenice (Triticum aestivum chromosome 3B-specific BAC library, contig ctg0079b) byly identifikovány dva duplikované lokusy pro LCMO, které jsou pravděpodobnými orthologními lokusy sekvencí lakázy 7 a lakázy 8 na chromozomu 1 rýže (Oryza sativa). Výsledky naznačují, že tyto duplikované lokusy na chromozomu 3B pšenice jsou pozůstatky genomové přestavby, kterou lze datovat do období před 50-70 miliony let, tj. před vznikem podčeledí Pooideae, Ehrhartoideae, Panicoideae. Tento závěr podporují i výsledky porovnání mikrosyntenie v okolí uvedených lokusů. Výsledky rovněž ukázaly na některé problémy elektronických anotačních dedikací, které v případech zde studovaných lokusů mohou být zavádějící, neboť oba lokusy jsou u pšenice anotovány chybně jako prekustory L-askorbát oxidázy. Získané poznatky umožní detekci alternativních členů genové rodiny pro multi-copper oxidázy (lakázy) u genových zdrojů a odrůd ječmene a pšenice. Funkční analýzy různých forem LMCO a studium jejich potenciálních biochemických charakteristik může identifikovat strukturální změny, které by mohly být významné z hlediska diversifikace substrátové aktivity a tím i jejich potenciálu pro eliminaci škodlivých látek. (cs)
|
| Title
| - Komparativní in silico analýza sekvencí lakáz u ječmene a pšenice
- Komparativní in silico analýza sekvencí lakáz u ječmene a pšenice (cs)
- In silico comparative analysis of sequences of the laccases in barley and wheat (en)
|
| skos:prefLabel
| - Komparativní in silico analýza sekvencí lakáz u ječmene a pšenice
- Komparativní in silico analýza sekvencí lakáz u ječmene a pšenice (cs)
- In silico comparative analysis of sequences of the laccases in barley and wheat (en)
|
| skos:notation
| - RIV/00027006:_____/12:00002353!RIV13-MZE-00027006
|
| http://linked.open...avai/riv/aktivita
| |
| http://linked.open...avai/riv/aktivity
| |
| http://linked.open...vai/riv/dodaniDat
| |
| http://linked.open...aciTvurceVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/druhVysledku
| |
| http://linked.open...iv/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open...titaPredkladatele
| |
| http://linked.open...dnocenehoVysledku
| |
| http://linked.open...ai/riv/idVysledku
| - RIV/00027006:_____/12:00002353
|
| http://linked.open...riv/jazykVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/klicovaSlova
| - Hordeum vulgare; Triticum aestivum; rice; laccases; LMCO; bioinformatics analyses (en)
|
| http://linked.open.../riv/klicoveSlovo
| |
| http://linked.open...ontrolniKodProRIV
| |
| http://linked.open...v/mistoKonaniAkce
| |
| http://linked.open...i/riv/mistoVydani
| |
| http://linked.open...i/riv/nazevZdroje
| - Výzkum, vývoj a aplikace nových postupů zaměřených na kontrolu a minimalizaci vlivu činitelů s negativním dopadem na zdravotní bezpečnost zemědělských surovin, produktů a potravin
|
| http://linked.open...in/vavai/riv/obor
| |
| http://linked.open...ichTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...cetTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...vavai/riv/projekt
| |
| http://linked.open...UplatneniVysledku
| |
| http://linked.open...iv/tvurceVysledku
| - Kučera, Ladislav
- Tomková, Lenka
|
| http://linked.open...vavai/riv/typAkce
| |
| http://linked.open.../riv/zahajeniAkce
| |
| number of pages
| |
| http://purl.org/ne...btex#hasPublisher
| - Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
|
| https://schema.org/isbn
| |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)