About: Molecular typing of syphilis-causing strains in the Czech Republic and detection of mutations leading to macrolide resistance

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Molecular typing of syphilis-causing strains in the Czech Republic and detection of mutations leading to macrolide resistance Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=NT11159
Description	Whole genome sequencing of several strains of Treponema pallidum (TP, i.e. strains Nichols, SS14, Mexico A and DAL-1) allowed development of highly specific PCR diagnostics that enabled typing of TP by sequencing of variable genomic loci. Moreover, the obtained TP DNA from patients will be also tested on the presence of macrolide resistance-causing mutations in the TP genome. The proposal plans to collect TP samples (mainly genitoanal swabs and whole blood samples) from several regions of Czech Republic. The DNA extracted from clinical samples will be amplified and sequenced in several chromosomal loci including TP0136 and TP0548 genes and in the macrolide resistance locus. The obtained sequences will be analyzed and clustered and confronted with the epidemiological data. In addition, development of fast, reliable and cheap diagnostic tests for molecular typing of syphilis-causing treponemes is planned. (en) Celogenomová sekvenace několika kmenů Treponema pallidum (TP, t.j. kmenů Nichols, SS14, Mexico A a DAL-1) umožnila vývoj vysoce specifické PCR diagnostiky TP. PCR detekce treponemální DNA umožňuje identifikovat kmenově specifické genomové sekvence a také geneticky vyšetřovat citlivost na některá antibiotika. Cílem projektu je sběr klinických vzorků z ČR a to zejména anogenitálních stěrů a vzorků plné krve. Z těchto vzorků budeme izolovat treponemální DNA, kterou budeme po amplifikaci sekvenovat (ve variabilních chromosomálních lokusech). Navíc budeme molekulárně biologicky určovat rezistenci k makrolidovým antibiotikům a klindamycinu. Sekvence získané z různých izolátů TP budou srovnány a profil jednonukleotidových záměn, delecí a inzercí bude využit pro shlukovací analýzu treponemálních izolátů a pro epidemiologické účely. Dále budeme vyvíjet rychlejší a levnější diagnostické testy pro molekulární typizaci původce syfilis.
Title	Molecular typing of syphilis-causing strains in the Czech Republic and detection of mutations leading to macrolide resistance (en) Mapování výskytu makrolidové rezistence původce syfilis v ČR a molekulární typizace jednotlivých syfilitických kmenů
skos:notation	NT11159
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Ministry of Health’s Departmental Research and Development Programme III
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/NT11159/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/NT11159/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-01-22 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100114972
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	FN - Epidemiologie, infekční nemoci a klinická imunologie
http://linked.open...vai/cep/kategorie	NV - Aplikovaný výzkum s výjimkou průmyslového výzkumu (tzv. %22neprůmyslový výzkum%22)
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Treponema pallidum; macrolide resistance; molecular typing; PCR diagnostics (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Lékařská fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	16 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	16 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2013-03-26 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/NT11159-5%2F2010
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2014
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2014
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SMZ0201001
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2014-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2010-09-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBBK
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	Treponema pallidum macrolide resistance molecular typing
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2010/ico%3A75010330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2010/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2011/ico%3A75010330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2011/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2012/ico%3A75010330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2012/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2013/ico%3A75010330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2013/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2014/ico%3A75010330 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/NT11159/2014/orjk%3A14110

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 26 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software