About: Nestability a dynamika funkčních motivů v biochemických sítích

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Nestability a dynamika funkčních motivů v biochemických sítích Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=LH14009
Description	Projekt je zaměřen na studium dynamiky enzymových reakčních sítí a jejich interakcí s procesy přenosu chemického signálu v buněčných systémech. V rámci projektu bude analyzována fosforylační MAPK kaskáda a pomocí teorie chemických sítí v ní bude identifikováno jádro zodpovědné za vznik oscilačního chování. Na modelu jádra bude vysvětlen původ oscilací. Nalezené jádro bude využito při studiu autokrinní komunikace, kde bude tvořit prvek zpětnovazební smyčky propojující děje na transmembránových receptorech a děje spojené s vylučováním nové signální molekuly. Budou identifikovány a kategorizovány typy buněčných odpovědí ve formě chemických koncentračních vln různých typů v závislosti na nastavení kinázového jádra. Budou též zkoumány, identifikovány a kategorizovány funkční motivy ve vybraných biochemických sítích, které vedou ke vzniku oscilačního chování popřípadě dalších nestabilit. Bude položen základ klasifikace funkčních motivů na základě topologie reakční sítě s využitím matematicky přesných postupů. General aim of the proposed Czech–American scientific cooperation project is on oscillatory dynamics and wave phenomena in biochemical regulatory networks. Within the cell assemblages there are many signalling and regulatory mechanisms that involve positive and negative feedback, a classical example that will be part of the project are phosphorylation cascades mediated by mitogen-activated protein kinases (MAPK). From the mechanistic point of view, such processes are represented by sequences of enzyme-catalyzed steps, which can be represented as reaction networks. To describe such networks, a number of theories has been proposed. A particular approach called stoichiometric network analysis helps to identify core subnetworks responsible for instabilities leading to a specific dynamical behavior, such as oscillations or bistability. These dynamical modes are of great importance in understanding both chemical and biological processes, of specific interest here is autocrine regulation and switches. The aim of the project is to contribute to understanding the relation between topological structure of a specific network - a motif - and its dynamical behavior through which it performs a biological function. Particular cases will include occurrence of oscillations in MAPK cascades and role of these dynamics in the wave spreading in autocrine signalling. Furthermore, functional motifs in biochemical systems occurring throughout the literature will be interpreted using the stoichiometric network methodology which will lead to a deeper understanding what are the specific features leading to dynamical instabilities and to a classification system based on the aforementioned features in the network's topology. (en)
Title	Nestability a dynamika funkčních motivů v biochemických sítích Instabilities and dynamics of functional motifs in biochemical networks (en)
skos:notation	LH14009
http://linked.open...avai/cep/aktivita	KONTAKT II
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/LH14009/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/LH14009/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-02-16 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	101051540
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CI - Průmyslová chemie a chemické inženýrství
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	biochemical networks; oscillatory motifs; intercellularcelular signalling; reaction-diffusion waves; reaction network classification; stability and bifurcations (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Fakulta chemicko-inženýrská
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	1 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	1 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-05-21 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/MSMT-9919%2F2014-1
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SMSM2014LH4
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVB
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2016-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie BO - Biofyzika
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2014-04-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZB
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	intercellularcelular signalling oscillatory motifs reaction network classification reaction-diffusion waves biochemical networks
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LH14009/2014/orjk%3A22340 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LH14009/2015/orjk%3A22340 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LH14009/2016/orjk%3A22340

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 32 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software