About: Gene ybxF, a newly identified member of the streptomycin operon of Bacillus subtilis

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Gene ybxF, a newly identified member of the streptomycin operon of Bacillus subtilis Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=IAA5052206
Description	The streptomycin (str) operon, one of the most conserved operons in prokaryotic evolution, is in E. coli composed of four house-keeping genes: rpsL, rpsG, and fus, tufA, coding for ribosomal proteins S12, S7, and elongation factors EF-G, EF-Tu, respectively. Our studies revealed that str operon of gram-positive B. stearothermophilus and B. subtilis carries at its 5' end an additional gene, designated ybxF. Its transcription affected expression of other four genes of the operon. ybxF codes in both organisms for a protein of unknown function. The gene is also present in some other gram-positive bacteria but gram-negative bacteria have no homologue of ybxF. A complex study of bacillar ybxF significance is proposed: 1) B. subtilis with removed (knocked-out) abyF gene will be generated and characterized, 2) consequences of ybxF protein overproduction for growth and transcription will be examined, 3) ybxF protein will be isolated, tested and crystallized to detemine its 3D structure. (en) Streptomycinový (str) operon, jeden z nejvíce evolučně konservovaných operonů u prokaryotů, se u E. coli skládá ze čtyř %22house-keeping%22 genů: rpsL, rpsG, fus a tufA. První dva geny kodují ribosomální bílkoviny S12 a S7, druhé dva elongační faktory EF-G a EF-Tu. Nedávno jsme prokázali, že str operon gram-positivníchj bakterií B. stearothermophilus a b. subtilis, nese na svém 5'konci ještě další gen, nazvaný ybxF. Jeho transkripce ovlivňuje expresi zbylých čtyř genů operonu. ybxF koduje v obou organismech protein s dosud neznámou funkcí a podle údajů v databasích je tento gen přítgomen i v dalších gram-positivních bakteriích. Zcela ale chybí v bakteriích gram-negativních. V projektu se navrhuje provedení komplexní studie ybxF: 1) Bude připraven a charakterizován B. subtilis bez genu ybxF (ybxF knoc-out), 2) Budou určeny důsledky zvýšené produkce proteinu abxF pro transkripci a buňku, 3) Protein ybxF bude isolován, testován a krystalizován k určení 3D struktury.
Title	Gene ybxF, a newly identified member of the streptomycin operon of Bacillus subtilis (en) Gen ybxF, nově identifikovaný člen streptomycinového operonu u Bacillus subtilis
skos:notation	IAA5052206
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA5052206/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA5052206/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2007-09-26 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	33614893
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	N - Nesplněno zadání, tj. nebyly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Bacillus subtilis; str operon; ybx F gene; ybx F protein function (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...okUkonceniPodpory	2005
http://linked.open...okZahajeniPodpory	2002
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2006
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2006
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02002-AB
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	První gen streptomycinového operonu Bacillus subtilis, nazvaný ybxF, je neesenciálním genem kodujícím malou ribosomální bílkovinu o 82 aminokyselinách. Protein GreA inhibuje aktivitu RNA polymerázy B. subtilis při iniciaci z rrn promotorů in vitro. (cs) The first gene of the streptomycin operon of Bacillus subtilis, called ybxF, is not an essential gene coding for a ribosomal protein of 82 amino acid residues. GreA protein inhibits activity of RNA polymerase initiating from rrn promoters in vitro. (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	Bacillus subtilis str operon ybx F gene
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052206/2002/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052206/2003/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052206/2004/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052206/2005/ico%3A68378050 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA5052206/2006/ico%3A68378050

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 9 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software