About: Self-organization, crystallization and structure determination of protein based macromolecular systems

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Self-organization, crystallization and structure determination of protein based macromolecular systems Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.imc.cas.cz/czwinl2/imc/struanal/molstru/index.html http://www.xray.cz/xray/president.htm http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=IAA500500701
Description	Persistent problem of the protein crystallography is low efficiency of the crystallization process. Polymer precipitants used in our structure determinations of 30 protein complexes showed high efficacy. They often proved to bind partly at specific sites on the protein surface and partly they remain solvated in buffer filling 40-80% of the crystal volume. Preliminary analysis shows that the efficacy of these precipitants is high and that its function consists in selective blocking the potential adhesion sites on the surface of the target macromolecule. Protein surface possess a number of potential adhesion sites, however the crystal of diffraction quality appears when only a single adhesion site is active during crystal growth. The project analyzes experimentally and theoretically this phenomenon, i.e. quality of adhesion sites, types of blocking ligands and conditions for their use. Parallel analysis of all components and parameters of crystallization solution is necessary. (en) Problémem při stanovení struktur proteinů je nízká úspěšnost při přípravě krystalů difrakční kvality. Zjistili jsme, že polymerní precipitanty, které jsme použili při řešení struktur cca 30 komplexů proteinů,často zůstávají svojí částí adsorbované na povrchu proteinů, přičemž jejich větší část zůstává rozpuštěná v pufru vyplňujícím 40-80 % prostoru krystalu. Předběžná analýza ukazuje, že úspěšnost těchto precipitantů je vysoká a že spočívá v různém stupni blokování specifických sorpčních míst na povrchu cílové makromolekuly. Proteiny mají na svém povrchu velký počet potenciálních sorpčních míst, ale krystal difrakční kvality vznikne jen pokud je preferována pouze jediná možnost adheze. Tento projekt je zaměřen na experimentální a teoretickou analýzu tohoto jevu, tj. jak vypadají adhezní místa na povrchu proteinu dostupná pro blokující ligandy, jaké ligandy použít a za jakých podmínek jsou úspěšné. Přitom je samozřejmě třeba současně analyzovat roli všech složek krystalizačního roztoku.
Title	Self-organization, crystallization and structure determination of protein based macromolecular systems (en) Vnitřní organizace makromolekulárních systémů, krystalizace a stanovení struktury makromolekulárních systémů obsahujících proteiny
skos:notation	IAA500500701
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA500500701/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA500500701/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2013-06-28 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	91840261
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CE - Biochemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	crystallization of polymers; protein crystallography, X-ray structure analysis; protein hydration; self-organization of molecules; macromolecular systems; crystallization buffer; polymer precipitant; intermolecular adhesion (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav makromolekulární chemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	16 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	16 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2011-03-18 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/IAA500500701
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2011
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2012
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02007-A
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2011-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	CD - Makromolekulární chemie EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2007-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Verification that hydrophilic polymers show specific adesion to protein surfaces allowed development of new crystallization procedures based on molecular self-organization for preparation of quality crystals for precise structure analysis of proteins (en) Důkaz,že hydrofilní polymery vykazují specifickou adhezi k povrchu bio-makromolekul umožnil vývoj nových krystalizačních postupů využívajících samo-organizace molekul k přípravě kvalitnějších krystalů nezbytných pro přesnou strukturní analýzu proteinů. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	X-ray structure analysis crystallization buffer macromolecular systems polymer precipitant protein crystallography protein hydration self-organization of molecules crystallization of polymers
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA500500701/2007/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA500500701/2008/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA500500701/2009/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA500500701/2010/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA500500701/2011/ico%3A61389013 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA500500701/2012/ico%3A61389013

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 109 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software