About: Accurate calculations of stabilization energies of stacking and hydrogen bonding: nucleic acid bases and proteins

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Accurate calculations of stabilization energies of stacking and hydrogen bonding: nucleic acid bases and proteins Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=IAA400550510
Description	Structure of biomacromolecules plays an important role in determining the function of the system and understanding the function of biomacromolecule is impossible without a knowledge of its structure. Structure of each biomacromolecule is result of a balance of numbers of interactions of individual building blocks and their interaction with environment. Two types of interactions play a dominant role, hydrogen bonding and stacking. While the former are wll known and their role in stabilizing the biomacromolecular structure is well recognized, the latter one are much less known and their role is strongly underestimated. This is due to their different origin (electrostatic and London dispersion interactions). Experimental determination of relative values of these interactions is tedious if not impractical Accurate quantum chemical calculations give, on the other hand, this information with high precision and it will be used for explanation of stabilization in DNA and proteins. (en) Struktura biomakromolekul hraje významnou úlohu při určení jejich funkce a porozumění funkce systému vyžaduje znalost struktury a geometrie. Struktura každé biomakromolekuly je dána výslednicí většího počtu interakcí stavebních bloků systému mezi sebou jakož i jejich interakcí s prostředím. Mezi interakcemi stavebních bloků hrají zcela jedinečnou úlohu dva interakční typy. Jedná se o vodíkové vazby a patrové (stacking) interakce. Zatímco první typ interakcí je podrobně studován již několik desetiletí, druhý typ interakcí je méně znám a jeho úloha při stabilizaci struktur biomakromolekul je zcela nedoceněna. Souvisí to především se zcela odlišným původem obou interakcí (elektrostatické a disperzní interakce). Pokusné určení charakteristik obou typů interakcí je obtížné, ne-li neproveditelné. Na druhé straně přesné kvantověchemické výpočty poskytují tyto )daje s dostatečnou přesností. Příslušné teoretické charakteristiky budou použity k vysvětlení stabilizace molekul DNA a proteinů.
Title	Accurate calculations of stabilization energies of stacking and hydrogen bonding: nucleic acid bases and proteins (en) Přesné výpočty stabilizačních energií komplexů s vodíkovou vazbou a patrových komplexů: báse nukleových kyselin a aminokyseliny
skos:notation	IAA400550510
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA400550510/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA400550510/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2010-06-08 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	65940008
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	DNA; proteins; DNA base pairs; aminoacids pairs; hydrogen bond; stacked interactions; accurate calculations of stabilization energies; ab initio correlated calculations; complete basis set liomit calculations (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	33 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	33 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2009-04-28 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/IAA400550510
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2009
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2010
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02005-A
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2009-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2005-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	The aim of the project was accurate description of molecular interactions between two subsystems or two parts of the same biosystem. The calculations were performed at variational and perturbational level and both static and dynamic levels were applied. (en) Cílem projektu byl přesný popis interakcí mezi dvěma subsystémy případně mezi částmi jednoho biosystému. Výpočty se prováděly na variační i poruchové úrovni a zajímal nás nejen statický ale i dynamický popis. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	DNA DNA base pairs ab initio correlated calculations accurate calculations of stabilization energies aminoacids pairs hydrogen bond proteins stacked interactions
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400550510/2005/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400550510/2006/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400550510/2007/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400550510/2008/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400550510/2009/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400550510/2010/ico%3A61388963

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 122 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2025 OpenLink Software