About: Structure, dynamics, and reaction mechanism of catalytic RNA

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Structure, dynamics, and reaction mechanism of catalytic RNA Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=IAA400040802
Description	The evolution of living world requires efficient and accurate biochemical catalysts. Although most today's enzymes are proteins, many key reactions are catalyzed by catalytic RNAs -ribozymes. The project is focused on three best crystallographically and biochemically characterized small catalytic RNAs, the hammerhead, hairpin and hepatitis delta virus ribozymes. They catalyze site-specific cleavage of their phosphodiester backbone through a transesterification mechanism. The main aims are comprehensive structural, dynamic and thermodynamic description of the ribozymes, and the ultimate goal is to elucidate their catalytic mechanism, which remains entirely elusive despite years of intense research. To obtain panoramic insight into the RNA catalysis, we will apply state-of-the-art computational approaches, predominantly based on explicit solvent biomolecular simulations combined with recently introduced quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) methods. (en) Ve vývoji živých organismů hrají velmi důležitou roli účinné a přesně fungující katalyzátory. Ačkoliv většina dnešních enzymů jsou proteiny, mnoho klíčových reakcí je katalyzováno katalytickou RNA – ribozymy. Tento projekt je zaměřen na studium tří krystalograficky a biochemicky nejlépe charakterizovaných malých katalytických ribozymů - Hammerhead, Hairpin a Hepatitis delta virus. Tyto ribozymy katalyzují štěpení vlastní fosfodiesterové páteře na specifickém místě pomocí transesterifikačního mechanismu. Záměrem projektu je komplexní popis struktury, dynamiky a termodynamiky ribozymů, hlavním cílem je přispět k objasnění katalytického mechanismu, který i přes intenzivní výzkum zůstává nevysvětlen. K získání uceleného pohledu na problematiku RNA katalýzy použijeme nejmodernější počítačové přístupy, převážně založené na biomolekulárních simulacích v explicitním solventu, kombinované s nejnovějšími kvantově-mechanickými molekulově-mechanickými (QM/MM) metodami.
Title	Structure, dynamics, and reaction mechanism of catalytic RNA (en) Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA
skos:notation	IAA400040802
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA400040802/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/IAA400040802/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2013-06-28 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	91837910
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CE - Biochemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	RNA; biochemistry; enzymatic catalysis; ribozyme; molekular modelling; quantum chemistry; molecular dynamics (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	3 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	46 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	46 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2011-03-18 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/IAA400040802
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2011
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2012
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02008-A
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2011-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	BO - Biofyzika EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2008-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Structural dynamics of HDV and hairpin ribozymes and glmS riboswitch were characterized. The reaction mechanisms of HDV and hairpin ribozymes were described. Further,the base-phosphate interactions playing important role in RNA catalyzes were identified. (en) Byla charakterizována strukturní dynamika tří ribozymů: HDV a hairpin ribozymů a glmS riboswitche. Byly prozkoumány reakční mechanismy HDV a hairpin ribozymů. Dále byly identifikovány a popsány báze-fosfát interakce hrající důležitou roli v RNA katalýze. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	RNA biochemistry enzymatic catalysis molekular modelling quantum chemistry ribozyme
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2008/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2008/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2008/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2009/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2009/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2009/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2010/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2010/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2010/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2011/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2011/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2011/orjk%3A15310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2012/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2012/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/IAA400040802/2012/orjk%3A15310

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 25 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2025 OpenLink Software