| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| rdfs:seeAlso
| |
| Description
| - We will analyze mechanisms of pathogenesis of two viroids (small, infectious, single-stranded, circular, non-coding and autonomously replicating RNAs) from Pospiviroidae family: potato spindle tuber viroid (PSTVd) infecting various crops, vegetables and ornamentals and highly expansive hop stunt viroid (HSVd) that, in particular, represents a danger to hops in Europe. Based on our previous study, we aim to verify the hypothesis that pathogenesis caused by pospiviroids involve viroid-specific (vs) small RNAs, mis-regulation of host-encoded microRNAs and plant transcription factors (TFs). To analyze the mechanism(s) of viroid pathogenesis we perform: 1. “deep” sequencing of small RNAs; 2. prediction of vsRNA targets in silico including the whole genome data of PSTVd-sensitive tomato recently available; 3. verification of vsRNA molecular targets, components of silencing mechanisms and TFs involved in pospiviroid pathogenesis by quantitative RNA expression assays, promoter activity assays and by virus-induced gene silencing technology (VIGS) using N. benthamiana, tomato and hop. (en)
- V projektu budeme analyzovat mechanismy patogeneze dvou viroidů (malých infekčních, jednořetězcových, cirkulárních, nekódujících a autonomě se replikukjících molekul RNA) z čeledi Pospiviroidae: viroidu vřetenovitosti hlíz bramboru (PSTVd)-choroby řady plodin, druhů zeleniny i okrasných rostlin a expanzivního viroidu zakrslosti chmele (HSVd), nebezpečného zejména pro pěstování chmele v Evropě. Na základě našeho předešlého studia chceme dále ověřit hypotézu, že viroidní patogeneze zahrnuje tvorbu malých viroid-specifických (vs) RNA, jejichž interakce vedou k poruchám regulace tzv. mikro RNA a transkripčních regulačních faktorů (TF) hostitele. Pro analýzu těchto mechanismů provedeme 1. tzv. „hluboké“ sekvenvání malých molekul RNA; 2. predickci cílových molekul pro vsRNA in silico zejména díky srovnání s výsledky dostupného celogenomového sekvenování genotypu rajčete citlivého k PSTVd; 3. ověření molekulárních cílů vsRNA kvantitativními metodami anlýzy exprese RNA, TF, promotorové aktivity a technologií viry indukované suprese genů (VIGS) u druhu N. benthamiana, rajčete a chmelu.
|
| Title
| - Pospiviroid pathogenesis as “regulatory disorder“ mediated by viroid-specific small RNAs. (en)
- Pospiviroidní patogeneze jako regulační porucha zprostředkovaná malými viroid-specifickými RNA.
|
| skos:notation
| |
| http://linked.open...avai/cep/aktivita
| |
| http://linked.open...kovaStatniPodpora
| |
| http://linked.open...ep/celkoveNaklady
| |
| http://linked.open...datumDodatniDoRIV
| |
| http://linked.open...i/cep/druhSouteze
| |
| http://linked.open...ep/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open.../cep/fazeProjektu
| |
| http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
| |
| http://linked.open...hodnoceniProjektu
| |
| http://linked.open...vai/cep/kategorie
| |
| http://linked.open.../cep/klicovaSlova
| - viroid; viroid; disease; gene; silencing; miRNA; transcription; factors; H.; lupulus; S.; lycopersicum (en)
|
| http://linked.open...ep/partnetrHlavni
| |
| http://linked.open...inujicichPrijemcu
| |
| http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
| |
| http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
| |
| http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
| |
| http://linked.open...enychVysledkuVRIV
| |
| http://linked.open...lneniVMinulemRoce
| |
| http://linked.open.../prideleniPodpory
| |
| http://linked.open...iciPoslednihoRoku
| |
| http://linked.open...atUdajeProjZameru
| |
| http://linked.open.../vavai/cep/soutez
| |
| http://linked.open...usZobrazovaneFaze
| |
| http://linked.open...ai/cep/typPojektu
| |
| http://linked.open...ep/ukonceniReseni
| |
| http://linked.open.../cep/vedlejsiObor
| |
| http://linked.open...ep/zahajeniReseni
| |
| http://linked.open...jektu+dodavatelem
| - Final report is carefully written and contains all required information. The project was executed at high level and lead to novel results on pathogenic effects of viroids and a multitargeting model of pathogenesis was confirmed that leads to aberrant function of regulatory networks. The results were published in 3 scientific journals with impact factor and on several scientific conferences. (en)
- Závěrečná zpráva je pečlivě vypracována a obsahuje všechny náležitosti. Projekt byl řešen na výborné úrovni a byly získány původní poznatky o patogenním účinku viroidů a byla potvrzena hypotéza o mnohočetném cílení molekul, které vede k poruchám regulačních sítí. Výsledky projektu byly zveřejněny ve 3 vědeckých časopisech s impakt faktorem a na řadě vědeckých konferencí. (cs)
|
| http://linked.open...tniCyklusProjektu
| |
| http://linked.open.../cep/klicoveSlovo
| - viroid
- H.
- S.
- disease
- factors
- gene
- lupulus
- miRNA
- silencing
- transcription
- viroid
|
| is http://linked.open...vavai/cep/projekt
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)