About: Modeling of DNA-chip hybridization in real conditions

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Modeling of DNA-chip hybridization in real conditions Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GC204/09/J010
Description	DNA microarrays or DNA-chips have become a widely used tool both in research and practice. Immobilization of capture probes in an array of spots on a flat surface makes possible a high throughput parallel detection of many DNA fragments present in the sample but represents an important change of the hybridization conditions due to the presence of the surface. Contemporary methods of probe design do not take into account the difference in hybridization between bulk solution and surface and therefore do not predict correctly the properties of capture probes. The aim of the project is modeling of DNA-chip hybridization parameters. Methodologically the project consists of three complementary approaches: study of the influence of the surface on charge distribution in the solution, ab initio calculations of stacking interaction and base-pairing in conditions simulating presence of a charged surface, and, finally molecular dynamics simulations of surface-attached oligonucleotides. The supposed results will bring a better insight into basic principles governing hybridization on an array, and in a longer term, make the design of capture probes and development of DNA chips more accurate, faster and less expensive. (en) Prohloubit poznání o chování DNA ve styku s povrchy především z hlediska hybridizačních parametrů, konkrétně stanovit vliv povrchu na a. rozložení nábojů a elektrického pole v roztoku b. stabilitu duplexu z hlediska párování bazí a patrových interakcí c. dynamiku ukotvených oligonukleotidů
Title	Modeling of DNA-chip hybridization in real conditions (en) Modelování hybridizace na DNA čipech v reálných podmínkách
skos:notation	GC204/09/J010
http://linked.open...avai/cep/aktivita	International projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GC204%2F09%2FJ010/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GC204%2F09%2FJ010/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-02-09 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	91961956
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	DNA-čip; hybridizace; molekulární modelování; vliv povrchu (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Zdravotně sociální fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	5 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	5 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2011-04-16 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/204%2F09%2FJ010
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2011
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2012
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02009GA1GC
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2011-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	BO - Biofyzika CE - Biochemie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2009-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	The project gone according to plan both in terms of expertise and in terms of disbursement of funds. (en) Řešení projektu proběhlo podle plánu jak z hlediska odborného tak i z hlediska čerpání finančních prostředků. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	hybridizace molekulární modelování DNA-čip
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GC204%2F09%2FJ010/2009/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GC204%2F09%2FJ010/2009/orjk%3A12110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GC204%2F09%2FJ010/2010/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GC204%2F09%2FJ010/2010/orjk%3A12110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GC204%2F09%2FJ010/2011/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GC204%2F09%2FJ010/2011/orjk%3A12110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GC204%2F09%2FJ010/2012/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GC204%2F09%2FJ010/2012/orjk%3A12110

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 47 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software