About: Molecular mechanisms of association of a novel type of transposase with repetitive palindromic elements     Goto   Sponge   NotDistinct   Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

AttributesValues
rdf:type
rdfs:seeAlso
Description
  • We plan to elucidate the molecular mechanism of recognition between novel tyrosine transposases from the IS200/IS605 family, RAYT, and single stranded DNA, ssDNA. RAYTs from Escherichia coli and Xanthomonas campestris are predicted to bind and cut specific DNA sequences (REPs) physically associated with RAYT encoding genes. The mobility of REPs is an important feature of plasticity of prokaryotic genomes. To advance understanding of the complex process of protein/DNA recognition in this system, we will combine thermodynamic and kinetic study by surface plasmon resonance and crystallographic structural analysis. Complementary energetic and structural views of the interaction will reveal the role of variability and dynamics of residues at the interface. Comprehensive biophysical characterization of non/binding ssDNA sequences is expected to elucidate the role of energetically marginally stable but kinetically trapped states in the process of recognition. The knowledge generated by the project will enable us to draw biologically significant parallels between the ssDNA and RNA behavior. (en)
  • V projektu plánujeme objasnit molekulární mechanismus rozpoznávání mezi novým typem tyrozinové transponázy z rodiny IS200/IS605, RAYT, a jednovláknovými DNA, ssDNA. RAYT z Escherichia coli and Xanthomonas campestris se váží a následně střihají specifické sekvence DNA, tzv. REP elementy, které fyzicky navazují na geny kódující RAYT. Mobilita REP sekvencí je významný faktor plasticity prokaryotického genomu. Pro pochopení komplexních procesů rozpoznávání proteinu s DNA v systému RAYT/REP kombinujeme termodynamická a kinetická měření metodou povrchové plasmonové resonance (SPR) a krystalovou strukturní analýzu. Komplementární energetické a strukturní pohledy na interakci odhalí roli variability a dynamiky residuí zprostředkujících interakci. Důkladná biofyzikální charakterizace (ne)vazebných sekvencí ssDNA odhalí roli energeticky málo stabilních, ale kineticky nedostupných (trapped) struktur DNA v procesu rozpoznání. Poznatky získané v projektu nám umožní odhalit významné a biologicky relevantní paralely mezi chováním ssDNA a RNA.
Title
  • Molecular mechanisms of association of a novel type of transposase with repetitive palindromic elements (en)
  • Molekulární mechanizmy asociace nového typu transponáz s repetitivními palindromickými sekvencemi
skos:notation
  • GAP305/12/1801
http://linked.open...avai/cep/aktivita
http://linked.open...kovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV
http://linked.open...i/cep/druhSouteze
http://linked.open...ep/duvernostUdaju
http://linked.open.../cep/fazeProjektu
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
http://linked.open...hodnoceniProjektu
http://linked.open...vai/cep/kategorie
http://linked.open.../cep/klicovaSlova
  • transposase DNA molecular structure crystallography SPR (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni
http://linked.open...inujicichPrijemcu
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
http://linked.open...enychVysledkuVRIV
http://linked.open...lneniVMinulemRoce
http://linked.open.../prideleniPodpory
http://linked.open...iciPoslednihoRoku
http://linked.open...atUdajeProjZameru
http://linked.open.../vavai/cep/soutez
http://linked.open...usZobrazovaneFaze
http://linked.open...ai/cep/typPojektu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor
http://linked.open...ep/zahajeniReseni
http://linked.open...jektu+dodavatelem
  • This project enhanced our knowledge of DNA-protein interactions in a significant manner also due to completely new and uinque bioinformatic analysis methods. The discovery of high dynamics of REP elements can have potentially general biological implications. The results were published in 6 papers in influential journals including Nucleic Acids Research and Acta Crystallographica D. (en)
  • Tento projekt zásadním způsobem rozšířil znalosti interakcí mezi DNA a proteiny mj. i díky zcela novým a unikátním bioinformatickým postupům analýzy. Objev vysoké dynamiky REP elementů může mít i obecně biologický přesah. Výsledky byly publikovány v 6 článcích ve významných oborových periodicích včetně Nucleic Acids Research and Acta Crystallographica D. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of
Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024


Alternative Linked Data Documents: ODE     Content Formats:   [cxml] [csv]     RDF   [text] [turtle] [ld+json] [rdf+json] [rdf+xml]     ODATA   [atom+xml] [odata+json]     Microdata   [microdata+json] [html]    About   
This material is Open Knowledge   W3C Semantic Web Technology [RDF Data] Valid XHTML + RDFa
OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software