About: Structure-function relationships underlying protein-protein interactions     Goto   Sponge   NotDistinct   Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

AttributesValues
rdf:type
rdfs:seeAlso
Description
  • Under this proposal molecular and structural biologists joined forces with computational chemists to unravel some fundamental principles underlying protein-protein interactions. In a case study building on several available structures of human gamma interferon in complex with its cellular and viral receptors, an extensive computational analysis of residue interactions and forces governing high-affinity binding of cytokine to the receptor will be undertaken. The gained knowledge will be tested experimentally by rational design of enhanced cytokine binding variants and by ribosomal display screen-selection of randomized receptor structures. Kinetic parameters and structures of selected best cytokine binders will be defined and confronted with theoretical predictions, to generate information to be fed back into the computing, modeling and mutagenesis schemes in several iterative cycles. Refined at each cycle, the thus derived kinetic and structural models of cytokine-receptor interaction will advance the general understanding of protein-protein interactions. (en)
  • V tomto projektu spojili své síly zkušení molekulární a strukturní biologové s výpočetními chemiky, aby společně studovali fundamentální principy, jimiž se řídí vazebné interakce proteinů. Využívaje znalosti několika 3-D struktur komplexů lidského interferonu gama s jeho buněčným a virovým receptorem pro modelovou studii, bude vazebné rozhraní cytokínu s receptory podrobeno intenzivní výpočetní analýze. Takto identifikované aminokyselinové zbytky a síly působící na vazebném rozhraní pak budou experimentálně testovány při charakterizaci sady cíleně i náhodně připravených variant vazebné domény receptoru, včetně variant selektovaných na vazbu cytokínu metodou vystavení na ribozomech in vitro. Poznání odvozené z analýzy vazebných vlastností a struktury vybraných mutant bude zpětně konfrontováno s  teoretickými predikcemi. V několika iterativních cyklech výpočetního modelování a experimentálního ověřování pak budou sestaveny a upřesněny kinetické modely interakce daného cytokínu s receptorem. Analýza těchto modelů umožní posun základního chápání proteinových vazebných interakcí.
Title
  • Structure-function relationships underlying protein-protein interactions (en)
  • Vztahy mezi strukturou a funkcí v proteinových interakcích
skos:notation
  • GAP305/10/2184
http://linked.open...avai/cep/aktivita
http://linked.open...kovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV
http://linked.open...i/cep/druhSouteze
http://linked.open...ep/duvernostUdaju
http://linked.open.../cep/fazeProjektu
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
http://linked.open...hodnoceniProjektu
http://linked.open...vai/cep/kategorie
http://linked.open.../cep/klicovaSlova
  • protein structure protein function protein-protein interactions binding affinity (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni
http://linked.open...inujicichPrijemcu
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
http://linked.open...enychVysledkuVRIV
http://linked.open...lneniVMinulemRoce
http://linked.open.../prideleniPodpory
http://linked.open...iciPoslednihoRoku
http://linked.open...atUdajeProjZameru
http://linked.open.../vavai/cep/soutez
http://linked.open...usZobrazovaneFaze
http://linked.open...ai/cep/typPojektu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor
http://linked.open...ep/zahajeniReseni
http://linked.open...jektu+dodavatelem
  • The results of this project which employed series of experimental and computational approaches enriched our knowledge of protein-protein interactions in general and substantially contributed towards understanding of interactions between interferon gamma and its receptors. The resulting data were published in three papers in journals with impact factors. (en)
  • Výsledky tohoto projektu, který kombinoval řadu experimentálních přístupů a počítačového modelování, obohatily naše znalosti interakcí mezi proteiny obecně a významně přispěly k pochopení interakcí interferonu gama a jeho receptorů. Tyto výsledky byly publikovány ve 3 článcích v periodicích s impakt faktorem. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of
Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024


Alternative Linked Data Documents: ODE     Content Formats:   [cxml] [csv]     RDF   [text] [turtle] [ld+json] [rdf+json] [rdf+xml]     ODATA   [atom+xml] [odata+json]     Microdata   [microdata+json] [html]    About   
This material is Open Knowledge   W3C Semantic Web Technology [RDF Data] Valid XHTML + RDFa
OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 122 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2025 OpenLink Software