About: Molecular mechanism of autocatalytic protein splicing of the RTX protein FrpC from Neisseria meningitidis

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Molecular mechanism of autocatalytic protein splicing of the RTX protein FrpC from Neisseria meningitidis Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GAP207/11/0717
Description	Sestřih proteinu je posttranslační modifikace proteinů založená na unikátním mechanismu autokatalytického štěpení výchozího polypeptidu a následnému spojení rozštěpených fragmentů pomocí peptidové vazby. V nedávné době jsme objevili novou navápníku závislou samoštěpící doménu (SPM) proteinu FrpC z Neisseria meningitidis, která je schopna rozštěpit peptidovou vazbu mezi aminokyselinami Asp aPro, a zároveň umožňuje vytvořit izopeptidovou vazbu mezi karboxylovou skupinouAsp odštěpeného proteinu a ε-amino skupinou na okolním lysinu (proteinovýsestřih in trans). Cílem tohoto projektu je objasnit strukturní a funkční charakteristiky proteinového sestřihu založeného na SPM a jeho potenciální využití v proteinovém inženýrství. Trojrozměrná struktura SPM umožní detailní pohled na mechanismus autokatalytického štěpení Asp-Pro vazby a zároveň pomůže objasnit úlohu vápenatých iontů v tomto procesu. Schopnosti odštěpeného fragmentu reagovat s okolními primárními aminy bude využito na vývoj alternativního přístupu k chemické modifikaci proteinů založené na SPM. Protein splicing is a unique mechanism of autocatalytic protein editing directly at polypeptide level. Recently, we identified a calcium-dependent self-processing module (SPM) inside the FrpC protein of Neisseria meningitidis that mediates autocatalytic cleavage of the Asp-Pro peptide bond and formation of an isopeptide bond of the newly released carboxyl of the Asp residue with ε-amino group of adjacent Lys residue (protein trans-splicing). The aim of this project is to determine the structure-function relationships underlying the mechanism of SPM-based protein splicing and its potential use in protein engineering. The project will focus on determination of the three-dimensional structure of SPM, which enables a deeper insight into a novel type of autocatalytic cleavage of the Asp-Pro peptide bond and the role of calcium ions in the conformational change of SPM during autocatalytic processing. The capacity of the newly generated fragment to form covalent linkage with amine group will be exploited for development of SPM-based protein ligation technology. (en)
Title	Molecular mechanism of autocatalytic protein splicing of the RTX protein FrpC from Neisseria meningitidis (en) Molekulární mechanismus autokatalytického proteinového sestřihu RTX proteinu FrpC z Neisseria meningitidis
skos:notation	GAP207/11/0717
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP207%2F11%2F0717/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP207%2F11%2F0717/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-23 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100775985
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CE - Biochemie
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	trans-splicing autocatalytic processing activation by calcium NMR X-ray crystallography (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	7 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	7 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-04-23 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/P207-11-0717
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02011GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2015-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EB - Genetika a molekulární biologie EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2011-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBBK
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2011/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2011/orjk%3A12520 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2011/orjk%3A12640 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2012/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2012/orjk%3A12520 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2013/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2013/orjk%3A12310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2013/orjk%3A12520 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2014/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2014/orjk%3A12310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2015/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP207%2F11%2F0717/2015/orjk%3A12310

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 41 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software