About: Comparative immunogenomics of the family Equidae

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Comparative immunogenomics of the family Equidae Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA523/09/1972
Description	Comparative analysis of the immunogenome of the family Equidae in the context of host-pathogen interactions will be performed. Allelic sequence diversity, evolution and balancing selection of the MHC DRB, DQB genes and of the KIR/Ly49 genes, encoding natural killer cell receptors will be analyzed in zebras, asses and donkeys. Furthermore, comparative analysis of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in selected immunity-related genes will be performed in various species of zebras, asses and in two populations of domestic donkeys. Genes showing across-breed associations with virus (West Nile virus), bacterial (Rhodococcus equi) and protozoan (Trypanosoma evansi) infections will be selected for analysis. Horse-specific primers will be used for amplifying the corresponding orthologues in other equid species. The PCR products will be cloned and sequenced. SNPs identified will be used for evaluating the extent of genetic diversity and evolutionary relationships of various Equids. Chromosome evolution of Equidae with special focus on chromosome microrearrangements will be investigated. (en) Cílem projektu je srovnávací analýza imunogenomu čeledi Equidae v kontextu interakcí hostitele a patogena. Na základě určení sekvenční alelické diversity genů MHC DRB a DQB a dvou rodin genů kódujících receptory NK buněk KIR/Ly49 bude provedena evoluční analýza u různých druhů zeber, velkých oslů a domácích oslů z Itálie a Keni, dále bude zkoumán vliv balancované selekce na specifická aminokyselinová místa. Polymorfismus genů imunitní odpovědi, které jsou nejméně u dvou plemen koní asociovány s resistencí k virové (virus západonilské horečky), bakteriální (Rhodococcus equi) a protozoární (Trypanosoma evansi) infekci bude analyzován za využití koňských primerů u různých příslušníků čeledi Equidae. PCR produkty budou klonovány, sekvenovány a budou v nich identifikovány jednonukleotidové polymorfismy (SNP). Data budou využita pro určení stupně genetické diversity různých populací a pro určení evolučních vztahů mezi druhy. Evoluce chromosomů se zvláštním zřetelem na mikropřestavby při speciaci bude zkoumána za využití metod molekulární cytogenetiky.
Title	Comparative immunogenomics of the family Equidae (en) Komparativní imunogenomika čeledi Equidae
skos:notation	GA523/09/1972
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA523%2F09%2F1972/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA523%2F09%2F1972/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2014-01-30 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	92539672
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	GI - Šlechtění a plemenářství hospodářských zvířat
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Immunity-related; genes; MHC; KIR/Ly49; SNP; FISH; horse; Equids; evolution (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Fakulta veterinárního lékařství
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	2 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	11 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	11 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2012-03-30 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/523%2F09%2F1972
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2012
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2013
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02009GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2012-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EB - Genetika a molekulární biologie GJ - Choroby a škůdci zvířat, veterinární medicina
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2009-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Detailed mapping of the immunogenome of the family Equidae, as well as genome wide comparative maps of some subchromosomal rearangements. Association between polymorphic markers of selected immune genes and some protozoan parasites. Diagnostic assays for these parasites were also developed. Altogether 5 papers have been published in journals with an average impact within the particular branch. (en) Podrobné mapování imunogenomu čeledi Equidae, zároveň s celogenomovým srovnávacím mapováním některých subchromosomálních přestaveb. Asociace mezi polymorfními markery vybraných genů imunitní odpovědi a některých protozoarních parazitů. Také byly vytvořeny diagnostické testy pro detekci těchto parazitů. Celkem bylo publikováno 5 článků v časopisech s průměrným impaktem v rámci oboru. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	Equids FISH KIR/Ly49 MHC SNP genes horse Immunity-related
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2009/ico%3A00027162 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2009/ico%3A60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2009/orjk%3A16170 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2010/ico%3A00027162 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2010/ico%3A60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2010/orjk%3A16170 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2011/ico%3A00027162 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2011/ico%3A60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2011/orjk%3A16170 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2012/ico%3A00027162 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2012/ico%3A60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2012/orjk%3A16170 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2013/ico%3A00027162 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2013/ico%3A60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA523%2F09%2F1972/2013/orjk%3A16170

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 47 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software