About: Genomics of Treponema: comparative genome sequencing of pathogenic treponemes and transcriptome analysis of T. pallidum ssp. pallidum

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Genomics of Treponema: comparative genome sequencing of pathogenic treponemes and transcriptome analysis of T. pallidum ssp. pallidum Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA310/07/0321
Description	The aim of this proposal is to study the genomes of pathogenic spirochetes of the genus Treponema using methods of comparative genomics including the whole genome fingerprinting method (WGF), comparative genome sequencing (CGS) approach and Chromatin Immunoprecipitation method (ChIP-chip). Genomes of five strains are intended to be sequenced using CGS strategy, i.e. T. pallidum ssp. pallidum (Chicago), T. pallidum ssp. pertenue (Samoan D and Gauthier) and T. pallidum ssp. endemicum (Iraq B and Bosnia A). We intend to determine additional transcriptomes of two strains of T. pallidum ssp. pertenue and compared them to the transcriptome of T. pallidum ssp. pallidum (Nichols). The ChIP-chip method will be used for identification of transcription factor binding sites in T. pallidum ssp. pallidum (Nichols). Differences in the genome structure and in the transcriptional profiles will be related to the different pathogenic features of studied organisms. Promoter identifications will be used for elucidation of the transcriptional regulatory network. (en) Cílem tohoto výzkumného projektu je studium genomů patogenních spirochet rodu Treponema s použitím metod komparativní a funkční genomiky. Tyto metody zahrnují techniku whole genome fingerprinting (WGF), komparativní genomové sekvencování (CGS) a metodu chromativé imunoprecipitace na čipech (ChIP-chip). Pomocí CGS plánujeme sekvencovat genomy 5 kmenů, t.j. T. pallidum ssp. pallidum (Chicago), T. pallidum ssp. pertenue (kmeny Samoan D a Gauthier) a T. pallidum ssp. endemicum (kmeny Iraq B a Bosnia A). Plánujeme také vyšetřit transkriptomy dvou kmenů T. pallidum ssp. pertenue a porovnat je s transkriptomem T. pallidum ssp. pallidum kmene Nichols. Technika ChIP-chip bude použita pro identifikaci vazebných DNA míst (promotorů) transkripčních faktorů v genomu T. pallidum ssp. pallidum Nichols. Nalezené rozdíly v genomové struktuře a trankripčních profilech budou porovnány s odlišným patogenním potenciálem vyšetřených treponem. Identifice promotorů (spolu s transkriptomovými daty) bude použita pro návrh operonové struktury a pro zmapování transkripční úrovně regulace genové exprese u treponem.
Title	Genomics of Treponema: comparative genome sequencing of pathogenic treponemes and transcriptome analysis of T. pallidum ssp. pallidum (en) Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum
skos:notation	GA310/07/0321
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA310%2F07%2F0321/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA310%2F07%2F0321/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-03-02 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	91497659
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	T. pallidum ssp. pallidum, genomové sekvenování, profilování genové exprese (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Lékařská fakulta
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	34 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	34 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2011-04-16 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/310%2F07%2F0321
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2011
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2012
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02007GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2011-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2007-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Řešení projektu proběhlo výtečně, jak z hlediska odborného tak i z hlediska čerpání finančních prostředků. (cs) The project was excellent, both in terms of expertise and in terms of disbursement of funds. (en)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	genomové sekvenování T. pallidum ssp. pallidum
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F07%2F0321/2007/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F07%2F0321/2008/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F07%2F0321/2009/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F07%2F0321/2010/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F07%2F0321/2011/orjk%3A14110 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA310%2F07%2F0321/2012/orjk%3A14110

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 26 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software