Cílem projektu je pochopit, jak rozpoznávání biomolekul, nukleových kyselin a proteinů, závisí na jejich hydrataci. Rozpoznání biomolekul je klíčovým krokem většiny biologických dějů, ale jeho molekulární podstata není plně pochopena. Proces rozpoznávánímolekul začíná setkáním jejich hydratačních obalů. Hydratační obal biomolekul se skládá z vody, která má vlastnosti odlišné od vody ve volném objemu. Je silně vázána k povrchu biomolekul a víme, že v případě basí DNA je tato hydratační vrstva tvořena lo kalisovanými hydratačními místy. Lokalisovaná hydratační místa lze očekávat i okolo dalších stavebních kamenů biomolekul, aminokyselin v proteinech a páteře DNA. Taková hydratační místa musí mít vliv na průběh rozpoznávání, jeho termodynamiku, specifitu a kinetiku. V projektu určíme strukturu hydratační vrstvy a budeme modelovat interakce proteinů a nukleových kyselin s explicitním uvážením jejich hydratace. Hydratační místa budou určována v závislosti na konformaci stavebních kamenů biomolekul a rovněž