About: Conformational dynamics of nucleic acids

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Conformational dynamics of nucleic acids Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA203/05/0388
Description	Studies of structure and dynamics of Nucleic acids (NA) and their relationship to biologiocal functions of NA represents key task of contemporary science. NA three-dimensional structure and dynamics will be investigated by advanced computational methods combined with X-ray and NMR analyses. The aim is to substantially improve the quality of structure refinement procedures, by predicting the structural and dynamical characteristics of the NA molecular fragments which are essential for reliable refinement. Biologicaly relevant structural motifs will be extracted from X-ray crystallography data and analyzed using state of the art quantum chemical and molecular dynamics calculations. Emphasis will be put on dynamics of the selected NA structural moieties (e.g., out-of-plane vibrations of the atoms involved in NA bases) by calculating their nonharmonic vibrational wave functions. The force-field utilized in the refinements will be re-parametrized accordingly. The wave functions will in turn be (en) Studium struktury a dynamiky nukleových kyselin (NK) a jejich vztah k biologickým funkcím NK představuje klíčové téma současné vědy. Struktura a dynamika NK budou zkoumány užitím moderních výpočetních metod v kombinaci s krystalografickou a NMR analýzou.Cílem projektu je zásadním způsobem zlepšit kvalitu procedury strukturní rafinace molekulových fragmentů NK výpočtem jejich strukturních a dynamických parametrů. Biologicky relevantní strukturní motivy budou vybrány z příslušných krystalografických dat adále analyzovány užitím metod kvantové chemie a molekulové dynamiky. Důraz bude kladen na dynamické chování vybraných fragmentů strukturních motivů NK (například mimorovinný pohyb atomů bází nukleových kyselin) výpočtem příslušné neharmonické vibrační vlnové funkce. Silové pole užité pro rafinace biomolekulárních struktur bude příslušně reparamatrizováno. Vibrační vlnová funkce bude použita ke středování povrchů parametrů NMR (posun, spin-spinová štepící konstanta,CSA). Zprůměrované NMR parametry
Title	Conformational dynamics of nucleic acids (en) Konformační dynamika nukleových kyselin
skos:notation	GA203/05/0388
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA203%2F05%2F0388/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA203%2F05%2F0388/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2008-12-16 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	71263236
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	DNA; RNA; X-ray; NMR; force field; computer modeling (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	2 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	30 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	30 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2007-05-02 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/203%2F05%2F0388
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2007
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2008
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02005GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2007-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	BO - Biofyzika CE - Biochemie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2005-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Applied theoretical methods including the calculation methods of quantum chemistry and molecular dynamics, the theoretical modelling of NMR spectroscopy parameters and the structural X-ray database studies allowed for complex research of the problematics (en) Rozsah teoretických metod aplikovaných při řešení zahrnující metody výpočetní kvantové chemie a molekulové dynamiky, modelování parametrů NMR spekter a strukturní X-ray databázové studie, umožnil komplexní výzkum řešené problematiky v souladu s návrhem p (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	DNA NMR RNA X-ray force field
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2005/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2005/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2005/orjk%3A12810 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2006/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2006/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2006/orjk%3A12810 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2007/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2007/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2007/orjk%3A12810 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2008/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2008/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0388/2008/orjk%3A12810

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 48 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software