About: Structure and dynamics of DNA nitrogeneous bases, base pairs, oligonucleotides and their complexes with water, ions and drugs

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Structure and dynamics of DNA nitrogeneous bases, base pairs, oligonucleotides and their complexes with water, ions and drugs Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GA203/05/0009
Description	Structure and dynamics of nucleic acids are determined by molecular interactions and electronic properties of nucleic acid bases. In-depth analysis of the molecular interactions in nucleic acids will be carried out using a wide range of modern computational techniques. The highest quality quantum chemical approaches will characterise the electronic properties of nucleobases including their tautomeric eqiulibria, hydrogen bonding, base stacking and cation binding. However, the gas phase studiesthemselves are not sufficient to understand the role of molecular interactions in DNA. To achieve this, the role of environment must be properly accounted for. Thus, nucleobases and their complexes will also be studied in polar environment using a variety of classical and quantum chemical approaches. In order to complete the research, molecular dynamics will be used to investigate the role of molecular interactions in DNA oligonucleotides and their complexes with drugs. (en) Struktura a dynamika nukleových kyselin (NK) je dána intermolekulárními interakcemi mezi komponenty NK a elektronovými vlastnostmi bází nukleových kyselin a cukrfosfátové páteře. Cílem projektu je studium těchto vlastností a interakcí s využitím celé škály nejmodernějších výpočetních technik. Pro studium vlastností izolovaných bází (včetně jejich tautomerů), párů bází vázaných vodíkovými vazbami a párů bází v patrovém uspořádání budou použity metody kvantové chemie na nejvyšší možné dostupné úrovni. Sebelepší výpočty ve vakuu však nemohou poskytnout kompletní obraz o chování NK in vivo, a tudíž je nezbytné zahrnout do našich studií i vliv okolního prostředí. Proto je náš projekt zaměřen rovněž na studium komplexů NK a jejich komponent s vodou, iontya léčivy s využitím jak kvantově-chemického, tak klasického (molekulová dynamika a mechanika) přístupu.
Title	Structure and dynamics of DNA nitrogeneous bases, base pairs, oligonucleotides and their complexes with water, ions and drugs (en) Struktura a dynamika bází, párů bází nukleových kyselin, oligonukleotidů a jejich komplexů s vodou, ionty a léčivy
skos:notation	GA203/05/0009
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA203%2F05%2F0009/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GA203%2F05%2F0009/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2008-12-16 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	71263181
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	DNA; DNA bases; molecular dynamics; ab initio quantum chemical calculations; solvation (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	66 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	66 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2007-05-02 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/203%2F05%2F0009
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2007
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2008
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02005GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2007-12-31 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	BO - Biofyzika
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2005-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Noncovalent interactions of nucleic acid bases and their role to structure, energetics, dynamic and properties of DNA were studied using a variety of state of the art computational methods. Pair interactions were described by accurate quantum chemical pr (en) Nekovalentní interakce bazí nukleových kyselin a jejich vliv na strukturu, energetiku, dynamiku a vlastnosti DNA byly studovány pomocí širokého spektra metod výpočetní chemie. Párové interakce byly popsány nejpřesnějšími metodami kvantové chemie a tento (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	DNA DNA bases ab initio quantum chemical calculations molecular dynamics
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0009/2005/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0009/2005/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0009/2006/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0009/2006/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0009/2007/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0009/2007/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0009/2008/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GA203%2F05%2F0009/2008/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 122 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2025 OpenLink Software