| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| rdfs:seeAlso
| |
| Description
| - Cílem projektu je provést charakterizaci pseudotrypsinu, proteolytického enzymu, který vzniká částečnou autolytickou degradací trypsinu spočívající ve štěpení peptidové vazby mezi zbytky Lys176 a Asp177. Naším záměrem je optimalizovat postup přípravy a přečištění pseudotrypsinu a potvrdit získání tohoto enzymu v čisté formě pomocí biochemických metod a bioanalytických metod, např. s využitím hmotnostní spektrometrie s iontovou mobilitou. Aktivita pseudotrypsinu bude testována s umělými spektrofotometrickými peptidovými substráty obsahujícími aromatické aminokyseliny vedle očekávaného pseudotrypsinového štěpného místa. Pseudotrypsin dále poslouží k přípravě digestů proteinových standardů a komplexních proteinových vzorků. Výsledné peptidové směsi budou separovány kapalinovou chromatografií a analyzovány hmotnostní spektrometrií s ionizací elektrosprejem nebo laserovou desorpcí s účastí matrice. Na základě analýzy fragmentačních spekter z tandemové hmotnostní spektrometrie peptidů vedoucí k určení aminokyselinové sekvence bude posouzena preference pseudotrypsinu vůči štěpným místům v proteinech. Data budou vyhodnocena na základě databázového vyhledávání s experimentálními datovými soubory a statisticky zpracována. Porovnání s daty získanými štěpením pomocí chymotrypsinu, který běžně štěpí u aromatických aminokyselinových zbytků, ukáže, zda je působení pseudotrypsinu srovnatelné s chymotrypsinem či nikoli. Očekávaným přínosem bude také první detailní charakterizace enzymologických vlastností pseudotrypsinu, což poslouží k predikci výskytu semispecifických a nespecifických peptidů v proteinových digestech získaných působením trypsinu. Vznik pseudotrypsinu během autolýzy trypsinu může takto ovlivňovat výsledek i reprodukovatelnost trypsinového štěpení proteinových vzorků, což má zásadní dopad zejména na kvantitativní analýzu v proteomice.
- The aim of the project is to characterize pseudotrypsin, a proteolytic enzyme which arises during a partial autolytic degradation of trypsin residing in the cleavage of the peptide bond between residues Lys176 and Asp177. Our aim is to optimize the procedure for the preparation and purification of pseudotrypsin and confirm its obtaining in a pure form by biochemical and bioanalytical methods such as ion-mobility mass spectrometry. Pseudotrypsin activity will be tested with artificial spectrophotometric peptide substrates containing aromatic amino acids adjacent to the expected pseudotrypsin cleavage site. The enzyme will be used to prepare digests of protein standards and complex protein samples. The resulting peptide mixtures will be separated by HPLC and analyzed by mass spectrometry with electrospray ionization or matrix-assisted laser desorption/ionization. Based on the analysis of fragmentation spectra from tandem mass spectrometry of peptides leading to the determination of amino acid sequences, the cleavage preference of pseudotrypsin towards amino acid sites will be characterized. Data will be evaluated based on database searches with the experimental datasets and statistically processed. A comparison with data obtained by a digestion with chymotrypsin, which normally cleaves after aromatic amino acid residues, will indicate whether the effects of pseudotrypsin are similar to those of chymotrypsin or not. The expected benefits will also include the first detailed characterization of enzymological properties of pseudotrypsin, which will be used to predict the occurrence of semispecific and non-specific peptides in tryptic protein digests. The production of pseudotrypsin during autolysis of trypsin may affect the results and reproducibility of trypsin digestion of protein samples, which is supposed to have a major impact especially on quantitative analysis in proteomics. (en)
|
| Title
| - Kvalitativní a kvantitativní analýza působení pseudotrypsinu na proteinové substráty jako příspěvek pro proteomiku
- Qualitative and quantitative analysis of the performance of pseudotrypsin towards protein substrates as a contribution to proteomics (en)
|
| skos:notation
| |
| http://linked.open...avai/cep/aktivita
| |
| http://linked.open...kovaStatniPodpora
| |
| http://linked.open...ep/celkoveNaklady
| |
| http://linked.open...datumDodatniDoRIV
| |
| http://linked.open...i/cep/druhSouteze
| |
| http://linked.open...ep/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open.../cep/fazeProjektu
| |
| http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
| |
| http://linked.open...vai/cep/kategorie
| |
| http://linked.open.../cep/klicovaSlova
| - autolysis; mass spectrometry; peptide; proteomics; pseudotrypsin; trypsin (en)
|
| http://linked.open...ep/partnetrHlavni
| |
| http://linked.open...inujicichPrijemcu
| |
| http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
| |
| http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
| |
| http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
| |
| http://linked.open...enychVysledkuVRIV
| |
| http://linked.open.../prideleniPodpory
| |
| http://linked.open...iciPoslednihoRoku
| |
| http://linked.open...atUdajeProjZameru
| |
| http://linked.open...usZobrazovaneFaze
| |
| http://linked.open...ai/cep/typPojektu
| |
| http://linked.open...ep/ukonceniReseni
| |
| http://linked.open.../cep/vedlejsiObor
| |
| http://linked.open...ep/zahajeniReseni
| |
| http://linked.open...tniCyklusProjektu
| |
| http://linked.open...n/vavai/cep/vyzva
| |
| http://linked.open.../cep/klicoveSlovo
| - autolysis
- mass spectrometry
- peptide
- proteomics
- pseudotrypsin
|
| is http://linked.open...vavai/cep/projekt
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)