About: Establishment of Silene vulgaris as a model for comparative genomics in genus Silene

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Establishment of Silene vulgaris as a model for comparative genomics in genus Silene Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=KJB600040901
Description	Silene vulgaris (bladder campion) with its relatively small genome represents an important model in plant genetics, biochemistry and evolutionary and population biology. Unfortunately, neither genomic resources nor comprehensive sequence information are available. We suggest to establish S. vulgaris as a basic comparative genomic model in genus Silene. The newly constructed BAC library will be used as a tool for comparative cytogenetics not only for S. vulgaris itself but also for closely related dioecius species with sex chromosomes. Isolation and analysis of BAC clones of corresponding autosomal and sex linked regions will enable us to decipher how sex chromosomes evolved. Comparison of repetitive DNA database with similar databases available for S. latifolia will show which DNA elements play a role in genome expansions and which ones in sex chromosome evolution. The project will be realized in collaboration with the Institute of Integrative Biology (ETH, Zürich, Switzerland). (en) Silene vulgaris (silenka nadmutá) představuje důležitý modelový organizmus pro studia rostlinné genetiky, biochemie a evoluční a populační biologie. Přesto, že je biologický výzkum u S. vulgaris intenzivní, až dosud nebyly vytvořeny zdroje pro genomické analýzy, které by usnadnily studium tohoto druhu. Naším záměrem je ustanovit S. vulgaris jako výchozí srovnávací model pro rod Silene. Nově konstruovaná BAC knihovna umožní využití S. vulgaris jako nástroje pro komparativní cytogenetiku. Porovnání autozomálních oblastí u S. vulgaris s odpovídajícími oblastmi na pohlavních chromozomech u S. latifolia umožní studovat procesy, které formovaly evoluci pohlavních chromozomů. Analýza stávajících a nově vytvořených databází genomových sekvencí určí, které repetice DNA formovaly velikost genomů v rámci rodu Silene, a které specificky souvisí s evolucí pohlavních chromozomů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci s Institute of Integrative Biology (ETH, Zürich, Switzerland).
Title	Establishment of Silene vulgaris as a model for comparative genomics in genus Silene (en) Silenka nadmutá jako model komparativní genomiky pro rod Silene
skos:notation	KJB600040901
http://linked.open...avai/cep/aktivita	The research grant projects for juniors
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB600040901/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB600040901/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2012-05-25 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	91915315
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Silene vulgaris; genome evolution; comparative genomics (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2011-03-18 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/KJB600040901
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2011
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2012
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02009-B
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2011-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2009-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	It was established several genomic resources and databases in Silene vulgaris during project timeline. The main output is BAC library construction, comparative analysis of autosomal and sex linked loci and genomic comparisons in genus Silene. (en) Během řešení projektu bylo vytvořeno několik genomových zdrojů a databází pro druh Silene vulgaris. Hlavními přínosy je vytvoření BAC knihovny, srovnání autozomálních oblastí chromozomů s pohlavně vázanými a porovnání genomů příbuzných druhů rodu Silene. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	genome evolution Silene vulgaris
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	Molekulární mechanismy rezistence k těžkým kovům a jejich akumulace v rostlinách Structure and evolution of Apetala3, a sex-linked gene in Silene latifolia Genomic diversity in two related plant species with and without sex chromosomes - Silene latifolia and S. vulgaris
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB600040901/2009/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB600040901/2010/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB600040901/2011/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB600040901/2012/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software