The aim of this study is to extend the knowledge concerning the relations between biological properties and genome sequences of Potato mop-top virus (PMTV). Based on complete nucleotide and amino acid sequences the prediction of 3D protein structure and phylogenetic analysis of PMTV isolates will be carried out. Simple and reliable RT PCR method for PMTV detection and isolate classification. will be worked out by designing primers for all three RNAs. In order to get more details concerning molecular biological properties of PMTV infection, protein-protein and protein-RNA interactions will be studied The expected results should help to obtain more details concerning viral life cycle, mainly on complex interaction arising between different viral proteins, of RNA and proteins, of even viral proteins and some host cell proteins known to take part in response to virus infection. The insight into these processes could help to better control of this economically important cell parasite. (en)
Podstatou předkládaného projektu je bližší charakterizace molekulárně biologických vlastností mop-top viru bramboru (PMTV). Na základě kompletní nukleotidové a aminokyselinové sekvence vybraných izolátů PMTV bude provedena predikce 3D struktury a fylogenetická analýza PMTV izolátů. Dále bude vypracována detekční metoda založená na RT PCR za použití příměrů ze všech tři genomových RNA, čímž bude umožněna spolehlivější detekce a klasifikace izolátů tohoto patogenu. Studium interakcí protein-proteina protein-RNA umožní bližší charakterizaci molekulárně biologických vlastností PMTV a napomůže k lepšímu porozumění a tím i ke kontrole tohoto ekonomicky důležitého patogenu. Informace získané řešením projektu rozšíří základní znalosti genetiky rostlinných virů a tím umožní i účinnou ochranu proti těmto parazitům. (cs)