About: Evolution of secondary metabolism in actinomycetes: exploitation of genetic variability     Goto   Sponge   NotDistinct   Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

AttributesValues
rdf:type
Description
  • Diverzita genů sekundárního metabolismu společně s diversitou 16S rDNA genů u aktinomycet bude stanovena z půdní DNA odebrané na extrémních stanovištích. Vybrané vzorky půdy budou použity i k izolaci bakterií a vytvoření sbírky zaměřené na neobvyklé a obtížně kultivovatelné skupiny aktinomycet. U souboru sbírkových kmenů bude určována rozmanitost genů kódujících rozšířené enzymy sekundárního metabolismu, např. syntázy polyketidových antibiotik, ale i rozmanitost genů pro vzácně se vyskytující enzymy, např. halogenázy. Evoluční stromy sestavené z těchto enzymů budou porovnávány s fylogenetickými stromy získanými ze sekvencí 16S rDNA. Přítomnost vzácných genů u izolovaných kmenů bude sledována spolu s úrovní homologie u běžnějších genů. Konzervovanost sekvencí vzácných genů bude vztažena k diversitě odběrových míst, ale i k zachování jejich původní funkce v biosyntetickém klastru. (cs)
  • Diversity of secondary metabolism genes in actinomycetes will be assessed together with 16S rDNA genes diversity in environmental DNA of soils from extremely diverse habitats. Soil samples will be also subjected to the isolation of bacteria. Directed selection of isolates will establish a diversified collection of soil actinomycetes. In the obtained collection of species and strains, diversity of selected secondary metabolic genes coding for common enzymes, e.g. polyketide synthases, or rare ones, e.g. halogenases, will be determined. Phylogenetic trees constructed from sequences of the enzymes typical of secondary metabolism will be compared to those based on the 16S rDNA genes. Presence of the rare genes in the isolates will be correlated to the level of homology in the more common genes. Variability of the rare genes will be studied in relationship to the diversity of sampled habitats but also in relationship to preservation of their original function in the biosynthetic cluster. (en)
Title
  • Evoluce sekundárního metabolismu u aktinomycet: průzkum a využití genetické variability (cs)
  • Evolution of secondary metabolism in actinomycetes: exploitation of genetic variability (en)
http://linked.open...vai/cislo-smlouvy
http://linked.open...lsi-vedlejsi-obor
http://linked.open...avai/druh-souteze
http://linked.open...domain/vavai/faze
http://linked.open...vavai/hlavni-obor
http://linked.open...vai/vedlejsi-obor
http://linked.open...vavai/id-aktivity
http://linked.open.../vavai/id-souteze
http://linked.open...n/vavai/kategorie
http://linked.open...vai/klicova-slova
  • secondary metabolism; antibiotics; Actinomycetales; soil (en)
http://linked.open...avai/konec-reseni
http://linked.open...nujicich-prijemcu
http://linked.open...avai/poskytovatel
http://linked.open...avai/start-reseni
http://linked.open...ai/statni-podpora
http://linked.open...vavai/typProjektu
http://linked.open...ai/uznane-naklady
http://linked.open...ai/pocet-prijemcu
http://linked.open...cet-spoluprijemcu
http://linked.open...ai/pocet-vysledku
http://linked.open...ku-zverejnovanych
is http://linked.open...ain/vavai/projekt of
Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024


Alternative Linked Data Documents: ODE     Content Formats:   [cxml] [csv]     RDF   [text] [turtle] [ld+json] [rdf+json] [rdf+xml]     ODATA   [atom+xml] [odata+json]     Microdata   [microdata+json] [html]    About   
This material is Open Knowledge   W3C Semantic Web Technology [RDF Data] Valid XHTML + RDFa
OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 77 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software