About: Biophysics and bioinformatics of genomic DNA fragments very rich in guanine and adenine

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Biophysics and bioinformatics of genomic DNA fragments very rich in guanine and adenine Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
Description	Provedeme bioinformatickou analýzu lidského, šimpanzího a dalších genomů s cílem identifikovat a lokalizovat nejdelší úseky s extrémně vysokým obsahem guaninu a adeninu v jednom řetězci DNA. Výsledky pro jednotlivé genomy porovnáme pro pochopení jejich funkce. Pomocí NMR spektroskopie určíme detailní molekulární strukturu (GA)n a (GAA)n.Pomocí CD spektroskopie a gelové elektroforézy porovnáme sekundární strukturu vybraných fragmentů příbuzných (GA)n a (GAA)n. Pomocí PCR určíme jejich náchylnost k prodlužování, které má vztah k evoluci genomů a jejich patologickým změnám. Vyvineme fotochemické metody pro stanovení sekundární struktury fragmentů (G+A) v genomovém kontextu. Empirická analýza krystalových struktur DNA bude sloužit k nalezení zákonitostí vertikálního vrstvení a vodíkového párování fragmentů (G+A). Projekt přispěje k pochopení úlohy, kterou v genomech hrají velmi dlouhé úseky s extrémním obsahem guaninu a adeninu v jednom řetězci DNA. (cs) We will perform a bioinformatic analysis of the human, chimp and other genomes to identify and localize the longest blocks with an extremely high content of adenine and guanine in one strand of DNA. We will compare results obtained with various genomes to understand function of the blocks. Using NMR spectroscopy, we will determine a detailed molecular structure (GA)n and (GAA)n. Using CD spectroscopy and gel electrophoresis we will compare secondary structures of fragments related to (GA)n and (GAA)n. Using PCR we will assess their inclination to expansion that relates to genome evolution and its pathological changes. We will develop photochemical methods to find secondary structure of the fragments in genomic content. Empirical analysis of the crystal structures of DNA will serve to find the role of vertical interactions of bases and their hydrogen bonding. The project shall contribute to a better understanding of the role the very long(G+A) fragments play in the genomes. (en)
Title	Biofyzika a bioinformatika genomových fragmentů DNA velice bohatých na guanin a adenin (cs) Biophysics and bioinformatics of genomic DNA fragments very rich in guanine and adenine (en)
http://linked.open...vai/cislo-smlouvy	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/smlouva/IAA500040903
http://linked.open...lsi-vedlejsi-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/EB
http://linked.open...avai/druh-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/druh-souteze/VS
http://linked.open...domain/vavai/faze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/faze/54715670
http://linked.open...vavai/hlavni-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/BO
http://linked.open...vai/vedlejsi-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/CE
http://linked.open...vavai/id-aktivity	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/aktivita/IA
http://linked.open.../vavai/id-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/soutez/SAV02009-A
http://linked.open...n/vavai/kategorie	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/kategorie/1
http://linked.open...vai/klicova-slova	DNA; primary structure; secondary structure; genomes; biophysics; bioinformatics; CD spectroscopy; NMR spectroscopy; gel electrophoresis; PCR; photochemistry; UV spectroscopy; crystal structures (en)
http://linked.open...avai/konec-reseni	2013-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...nujicich-prijemcu	1 (xsd:integer)
http://linked.open...avai/poskytovatel	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/poskytovatel/AV0
http://linked.open...avai/start-reseni	2009-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...ai/statni-podpora	4659 (xsd:integer)
http://linked.open...vavai/typProjektu	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/typ/P
http://linked.open...ai/uznane-naklady	4659 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-prijemcu	2 (xsd:integer)
http://linked.open...cet-spoluprijemcu	0 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-vysledku	7 (xsd:integer)
http://linked.open...ku-zverejnovanych	7 (xsd:integer)
is http://linked.open...ain/vavai/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2009/IAA500040903/ico-68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2009/IAA500040903/orjk-14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2010/IAA500040903/ico-68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2010/IAA500040903/orjk-14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2011/IAA500040903/ico-68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2011/IAA500040903/orjk-14310 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2011/IAA500040903/orjk-14740 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2012/IAA500040903/ico-68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2012/IAA500040903/orjk-14740 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2013/IAA500040903/ico-68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2013/IAA500040903/orjk-14740

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 77 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software