RNA polymerases produce RNA transcripts by initiating and terminating transcription in response to specific sequence elements. Signals that terminate transcription reside either in the DNA template sequence or, alternatively, in the nascent RNA transcript. RNA Polymerase II transcribes not only mRNA but also a subset of small nuclear and small nucleoar RNAs, and a class of intergenic and anti-sense RNAs. Termination of these transcripts requires the Nrd1 complex which recognizes specific sequence signals in RNA transcript by unknown mechanism. Here, we propose to use multidimensional NMR spectroscopy to investigate the structural basis for RNA recognition by the Nrd1 complex and to reveal the structural determinants that define the spacing and orientation of termination elements for efficient nonpoly(A) termination. (en)
"RNA polymerázy produkují RNA transkripty pomocí iniciace a terminace transkripce které se odvíjejí od specifických sekvencí. Signály které řídí ukončení transkripce leží buď přímo v sekvenci DNA templátu, nebo v sekvenci vznikající RNA. RNA polymeráza II přepisuje nejen mRNA ale také malé jaderné či malé jadérkové RNA, mezigenové a ""anti-sense"" RNA. Ukončení těchto transkriptů vyžaduje komplex Nrd1 který rozeznává specifický sekvenční signál ve vznikajícím RNA transkriptu pomocí zatím neznámého mechanismu. Navrhujeme použít multidimenzionální NMR spektroskopii ke studiu strukturní podstaty rozpoznávání RNA komplexem Nrd1. Tento projekt také odhalí důležitost vzdálenosti a orientace terminačních elementů v RNA transkriptu, které vedou k účinné terminaci transkripce nezaložené na polyadenylačním signálu." (cs)