| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| Description
| - The evolution of living world requires efficient and accurate biochemical catalysts. Although most today's enzymes are proteins, many key reactions are catalyzed by catalytic RNAs -ribozymes. The project is focused on three best crystallographically and biochemically characterized small catalytic RNAs, the hammerhead, hairpin and hepatitis delta virus ribozymes. They catalyze site-specific cleavage of their phosphodiester backbone through a transesterification mechanism. The main aims are comprehensive structural, dynamic and thermodynamic description of the ribozymes, and the ultimate goal is to elucidate their catalytic mechanism, which remains entirely elusive despite years of intense research. To obtain panoramic insight into the RNA catalysis, we will apply state-of-the-art computational approaches, predominantly based on explicit solvent biomolecular simulations combined with recently introduced quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) methods. (en)
- Ve vývoji živých organismů hrají velmi důležitou roli účinné a přesně fungující katalyzátory. Ačkoliv většina dnešních enzymů jsou proteiny, mnoho klíčových reakcí je katalyzováno katalytickou RNA – ribozymy. Tento projekt je zaměřen na studium tří krystalograficky a biochemicky nejlépe charakterizovaných malých katalytických ribozymů - Hammerhead, Hairpin a Hepatitis delta virus. Tyto ribozymy katalyzují štěpení vlastní fosfodiesterové páteře na specifickém místě pomocí transesterifikačního mechanismu. Záměrem projektu je komplexní popis struktury, dynamiky a termodynamiky ribozymů, hlavním cílem je přispět k objasnění katalytického mechanismu, který i přes intenzivní výzkum zůstává nevysvětlen. K získání uceleného pohledu na problematiku RNA katalýzy použijeme nejmodernější počítačové přístupy, převážně založené na biomolekulárních simulacích v explicitním solventu, kombinované s nejnovějšími kvantově-mechanickými molekulově-mechanickými (QM/MM) metodami. (cs)
|
| Title
| - Structure, dynamics, and reaction mechanism of catalytic RNA (en)
- Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA (cs)
|
| http://linked.open...vai/cislo-smlouvy
| |
| http://linked.open...lsi-vedlejsi-obor
| |
| http://linked.open...avai/druh-souteze
| |
| http://linked.open...domain/vavai/faze
| |
| http://linked.open...vavai/hlavni-obor
| |
| http://linked.open...vai/vedlejsi-obor
| |
| http://linked.open...vavai/id-aktivity
| |
| http://linked.open.../vavai/id-souteze
| |
| http://linked.open...n/vavai/kategorie
| |
| http://linked.open...vai/klicova-slova
| - RNA; biochemistry; enzymatic catalysis; ribozyme; molekular modelling; quantum chemistry; molecular dynamics (en)
|
| http://linked.open...avai/konec-reseni
| |
| http://linked.open...nujicich-prijemcu
| |
| http://linked.open...avai/poskytovatel
| |
| http://linked.open...avai/start-reseni
| |
| http://linked.open...ai/statni-podpora
| |
| http://linked.open...vavai/typProjektu
| |
| http://linked.open...ai/uznane-naklady
| |
| http://linked.open...ai/pocet-prijemcu
| |
| http://linked.open...cet-spoluprijemcu
| |
| http://linked.open...ai/pocet-vysledku
| |
| http://linked.open...ku-zverejnovanych
| |
| is http://linked.open...ain/vavai/projekt
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)