About: Conformational Transitions in Plasmid DNA     Goto   Sponge   NotDistinct   Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

AttributesValues
rdf:type
Description
  • DNA undergoes conformational transitions which substantially change its biophysical and molecular biological properties. The mostly used method of research into DNA conformational transitions is CD spectroscopy, Which nevertheless is not suitable for mapping the transitions along segments of genomic DNA, as it provides a picture of the whole molecule behaviour. In this project we intend to develop two complementary methods based on the fact that UV-induced DNA damage is DNA conformation dependent. We will detect photoproducts via primer extension method, which gives information at single nucleotide resolution, but in segments of hundreds nucleotides only. To detect the transitions along kilobase DNA molecules, the fact that damaged DNA inhibits restrictases cleavage will be used. These methods will be applied to the research into the conformational in plasmid pUC19-preferentially for B-A transition and for negative and positive superhelicity induced transitions. (en)
  • DNA vykazuje konformační přechody, které výrazně mění její biofyzikální a molekulárně biologické vlastnosti. Nejčastěji používanou metodou ke studiu konformačních přechodů v DNA je CD spektroskopie. Ta ale není vhodná pro mapování konformačních přechodů podél dlouhých úseků genomové DNA, protože poskytuje integrální obraz o chování celé molekuly. V tomto projektu chceme vyvinout dvě komplementární metody založené na skutečnosti, že poškození vyvolané na DNA UV světlem závisí na konformaci DNA. K detekci fotoproduktů využijeme metodu primer extension, která dává informace s nukleotidovým rozlišením, ale jen v úsecích o délce stovek nukleotidů. K detekci konformačních přechodů podél kilobázových molekul DNA využijeme skutečnost, že poškození DNA blokuje její štěpení restriktázami. Tyto metody využijeme ke studiu konformačních přechodů v molekule plasmidu pUC19. Přednostně se zaměříme na přechor B-A a na přechody indukované negativním a pozitivním nadšroubovicovým vinutím. (cs)
Title
  • Conformational Transitions in Plasmid DNA (en)
  • Konformační přechody v plasmidové DNA (cs)
http://linked.open...lsi-vedlejsi-obor
http://linked.open...avai/druh-souteze
http://linked.open...domain/vavai/faze
http://linked.open...vavai/hlavni-obor
http://linked.open...vai/vedlejsi-obor
http://linked.open...vavai/id-aktivity
http://linked.open.../vavai/id-souteze
http://linked.open...n/vavai/kategorie
http://linked.open...vai/klicova-slova
  • conformational transitions; UV light; plasmid DNA; supercoiling; photoproducts; primer extension; restrictases; CD spectroscopy (en)
http://linked.open...nujicich-prijemcu
http://linked.open...avai/poskytovatel
http://linked.open...ai/statni-podpora
http://linked.open...vavai/typProjektu
http://linked.open...ai/uznane-naklady
http://linked.open...ai/pocet-prijemcu
http://linked.open...cet-spoluprijemcu
http://linked.open...ai/pocet-vysledku
http://linked.open...ku-zverejnovanych
is http://linked.open...ain/vavai/projekt of
Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024


Alternative Linked Data Documents: ODE     Content Formats:   [cxml] [csv]     RDF   [text] [turtle] [ld+json] [rdf+json] [rdf+xml]     ODATA   [atom+xml] [odata+json]     Microdata   [microdata+json] [html]    About   
This material is Open Knowledge   W3C Semantic Web Technology [RDF Data] Valid XHTML + RDFa
OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software