Hlavními z identifikovaných metabolitů jsou epirubicinol (13-OH epirubicin) a glukuronidy epirubicinu a epirubicinolu.
4'-O-glukuronidace odlišuje epirubicin od doxorubicinu a může vysvětlovat rychlejší eliminaci epirubicinu a jeho sníženou toxicitu. (cs)