About: Influence of the Enviroment on the Stability and Geometry of DNA Building Blocks

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Influence of the Enviroment on the Stability and Geometry of DNA Building Blocks Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=KJB400550518
Description	A structure and dynamics of DNA in cells are determined not only by H-bonded and stacked interaction between the bases, but also by a presence of the enviroment - water molecules and ions. The complexes of bases and base pairs (not only canonical form of bases, but also other tautomers) with water and ions will be characterised by classical molecular dynamics, mechanics and the highest quality quantum chemical approaches. After detailed exploration of potential nad free energy surfaces of complexes at classical level, the most stable and the most populated structures will be studied at ab initio level. Geometries and exact values of interaction energies will be obtained and the calculated IR spectra will be compared with the available experiments. (en) Struktura a dynamika DNA je závislá na celé řadě interakcí. Kromě vodíkových vazeb a patrových interakcí má na stabilitu DNA vliv i přítomnost vody a iontů. Struktura komplexů bází a párů bází (zahrnující nejen kanonické formy bází ale i ostatní tautomery) s vodou a ionty bude studována moderními teoretickými technikami - jak molekulovou dynamikou a mechanikou , tak na ab initio úrovni se zahrnutím korelační energie a s využitím velkých bází atomových orbitalů . Použití uvedených ab initio technik je nezbytné pro přesný popis všech složek interakční energie popisující stabilitu uvedených komplexů. Po podrobném prozkoumání povrchů potenciální a volné energie komplexů na empirické úrovni budou pro nejstabilnější a nejvíce populované struktury spočteny přesné hodnoty interakčních energií na ab initio úrovni. Pro tyto struktury budou rovněž vypočtena IR spektra, která budou porovnána s dostupnými experimenty.
Title	Influence of the Enviroment on the Stability and Geometry of DNA Building Blocks (en) Vliv okolního prostředí (solvatace a hydratace) na stabilitu a geometrii komponent DNA
skos:notation	KJB400550518
http://linked.open...avai/cep/aktivita	The research grant projects for juniors
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB400550518/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/KJB400550518/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2009-04-03 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	71782811
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	DNA; nitrogeneous bases; base pairing; tautomers; influence of solvent; ions; ab initio calculations; molecular mechanics and dynamics; empirical force fields; potential and free energy surfaces (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	6 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	6 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2007-02-27 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/KJB400550518
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2007
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2008
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SAV02005-J
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2007-12-01 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2005-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Water influences the tautomeric equilibrium of nucleic acid bases. Few water molecules lead to preference of stacked structures over H-bonded ones for the nucleic acid base pairs. The H-bonded structures are more stable in vacuum and nonpolar solvents. (en) Voda ovlivňuje tautomerní rovnováhu bází nukleových kyselin. U párů bází již několik molekul vody způsobuje preferenci patrově uspořádaných struktur oproti vodíkově vázaným, které jsou termodynamicky stabilnější ve vakuu a nepolarních rozpouštědlech. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBKU
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	DNA ab initio calculations base pairing ions empirical force fields influence of solvent molecular mechanics and dynamics nitrogeneous bases tautomers
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400550518/2005/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400550518/2006/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400550518/2007/ico%3A61388963 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/KJB400550518/2008/ico%3A61388963

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 112 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software