About: Sex chromosomes and dynamics of transposable elements

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Sex chromosomes and dynamics of transposable elements Goto Sponge NotDistinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GAP305/10/0930
Description	The existence and evolution of sex chromosomes is a basic question in evolutionary biology. The Y chromosome is a bizarre part of the genomes, non-recombining, what results in its degeneration and accumulation of repetitive DNA, mostly transposable elements. We will study dynamics of transposable elements on young sex chromosomes of dioecious plant Silene latifolia. First, we will characterize all abundant repetitive elements using our recent 454 sequencing data. Comparison of male and female genomes will reveal elements accumulated on the Y chromosome, what will be confirmed by FISH mapping. Comparison of transposable elements amplified on microdissected sex chromosomes combined with studies of their expression patterns will enable us to decide how active are elements on the sex chromosomes. Together with identification of transposable elements within genes on degenerating Y chromosome and determination of their age give us a detailed picture of the role of transposable elements in shaping genomic and transcriptomic landscape of the young degenerating Y chromosome. (en) Vznik a evoluce pohlavních chromosomů je jednou ze základních otázek evoluční biologie. Unikátní je především chromosom Y, představující zvláštní část genomu, která nerekombinuje. Výsledkem je jeho degenerace a akumulace repetitivní DNA, zejména transposonů. Budeme studovat dynamiku transposonů u mladých pohlavních chromosomů dvoudomé rostliny Silene latifolia. S použitím našich recentních dat z 454 sekvenování budeme nejprve charakterizovat hlavní repetitivní elementy. Srovnáním samčího a samičího genomu odhalíme elementy akumulované na chromosomu Y, což bude ověřeno pomocí FISH. Porovnání transposonů amplifikovaných na mikrodisektovaných chromosomech, v kombinaci se sledováním jejich exprese, nám umožní zjistit, jak aktivní jsou elementy nacházející se na pohlavních chromosomech. To nám pak spolu s identifikací transposonů v genech na degenerujícím chromosomu Y, a určením jejich stáří, poskytne podrobný obrázek úlohy transposonů ve formování genomové a transkriptomové krajiny mladého degenerujících chromosomu Y. Grant je pokračováním grantu GAČR 204/05/2097.
Title	Sex chromosomes and dynamics of transposable elements (en) Pohlavní chromosomy a dynamika transposonů
skos:notation	GAP305/10/0930
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Standard projects
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP305%2F10%2F0930/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GAP305%2F10%2F0930/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-05-22 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	100901157
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EB - Genetika a molekulární biologie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	V - Vynikající výsledky (s mezinárodním významem apod.). Zároveň byly splněny cíle a předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory.
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	sex chromosomes transposable elements expression degeneration (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Biofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	12 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	12 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-03-31 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/P305-10-0930
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2014
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02010GA-ST
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2014-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2010-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...jektu+dodavatelem	The results of this project enhanced in a significant manner our knowledge of the evolution of sex chromosomes and the behaviour of dynamic components of plant genomes - transposons, microsatellites and promiscuous DNA. These data were published in 14 papers and one monograph chapter. (en) Výsledky tohoto projektu zásadním způsobem rozšířily naše znalosti o evoluci pohlavních chromozomů a o chování dynamických složek rostlinných genomů – transposonů, mikrosatelitů a promiskuitní DNA. Tato data byla publikována ve 14 článcích a jedné kapitole v zahraniční monografii. (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBBKU
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP305%2F10%2F0930/2015/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP305%2F10%2F0930/2010/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP305%2F10%2F0930/2011/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP305%2F10%2F0930/2012/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP305%2F10%2F0930/2013/ico%3A68081707 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GAP305%2F10%2F0930/2014/ico%3A68081707

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 85 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software