| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| Description
| - The taxonomic classification of yeasts still dependent on physiological characterization. These analysis are very time consuming and requires considerable expertise . The aim of this work was to use modern rapid methods to accelerate and facilitate yeast identification . Lysis of yeast was made enzymatically ( lyticase ) and DNA was isolated using a DNeasy Blood & Tissue kit ( Qiagen). DNA was amplified in a region encoding ITS1 - 5.8S - ITS2 rRNA using specific primers ITS1 and ITS4 . The resulting PCR products were purified by QIAquick PCR Purification Kit ( Qiagen, USA ) according to the manufacturer's instructions and then sent for sequencing to Institute of Microbiology of the Academy of Sciences of the Czech Republic for sequencing. The obtained sequences were analyzed by BLAST (NCBI ). Moreover, yeast were characterized using a commercial kit API 20C AUX ( Biomérieux , France) and MALDI -TOF -MS. In all cases except isolate K9 , the reliability of the identification was very high. Suprisenglly, sequened PCR products of rRNA 5.8 differed from isolate to isolate. For Debaryomyces hansenii ( anamorph C. famata ) and Sporobolomyces roseus, size of PCR products were o 600 bp, for Candida parapsilosis 500 bp, for Kluyveromyces marxianus ( C. kefyr anamorph ) about 800 bp and for Yarrowia lipolytica ( anamorph C. lipolytica ) 350 bp . The least reliable method has been reported the identification of yeasts Maldi -TOF -MS , that 50% of cases unable to reliably identify the isolate , although the results were consistent with the 5.8S rRNA sequence analysis . Results showed that the yeast can not be identified based on biochemical tests API 20C AUX . (en)
- U eukaryotních organismů, do kterých se řadí i mikroskopické jednobuněčné houby ? kvasinky, je taxonomické řazení stále závislé i na fyziologické charakterizaci. Tato analýza je ovšem časově velmi náročná a vyžaduje značné zkušenosti. Cílem této práce bylo proto použít moderní rychlé metody, které by identifikaci zrychlily a usnadnily. Lyze kvasinek byla provedena také enzymaticky (lyticasy) a DNA byla izolována pomocí DNeasyBlood&Tissuekit (Qiagen). Poté byl amplifikován a analyzován region kódující ITS1-5.8S-ITS2 rRNA s využitím specifických primerů ITS1 a ITS4. Výsledné PCR produkty byly přečištěny QIAquick PCR PurificationKit (Qiagen, USA) dle instrukcí výrobce a následně zaslány k oboustranné sekvenaci do Sekvenčního střediska při Mikrobiologickém ústavu Akademie věd České republiky. Získané sekvence byly analyzovány v programu BLAST (NCBI) a charakterizovány pomocí komerční soupravy API 20 C AUX (Biomérieux, Francie) a Maldi-TOF-MS. Ve všech případech kromě izolátu K9, byla spolehlivost identifikace velmi vysoká. Při sekvenaci 5.8 rRNA se izoláty překvapivě navzájem lišily již velikostí sekvenovanéhoamplifikátu (PCR produktu). Pro Debaryomyceshansenii (anamorfa C. famata) a Sporobolomycesroseus byly získány PCR produkty o velikosti 600 bp, pro Candidaparapsilosis o velikosti 500 bp, pro Kluyveromycesmarxianus (anamorfa C. kefyr) o velikosti 800 bp a pro Yarrowialipolytica (anamorfa C. lipolytica) o velikosti 350 bp. Za nejméně spolehlivou metodou byla označena při identifikaci kvasinek Maldi-TOF-MS, která v 50 % případů nedokázala spolehlivě identifikovat daný izolát, přestože výsledky byly shodné s analýzou sekvence 5.8S rRNA. Výsledky ukázaly, že není možné kvasinky identifikovat pouze na základě biochemických testů API 20 C AUX.
- U eukaryotních organismů, do kterých se řadí i mikroskopické jednobuněčné houby ? kvasinky, je taxonomické řazení stále závislé i na fyziologické charakterizaci. Tato analýza je ovšem časově velmi náročná a vyžaduje značné zkušenosti. Cílem této práce bylo proto použít moderní rychlé metody, které by identifikaci zrychlily a usnadnily. Lyze kvasinek byla provedena také enzymaticky (lyticasy) a DNA byla izolována pomocí DNeasyBlood&Tissuekit (Qiagen). Poté byl amplifikován a analyzován region kódující ITS1-5.8S-ITS2 rRNA s využitím specifických primerů ITS1 a ITS4. Výsledné PCR produkty byly přečištěny QIAquick PCR PurificationKit (Qiagen, USA) dle instrukcí výrobce a následně zaslány k oboustranné sekvenaci do Sekvenčního střediska při Mikrobiologickém ústavu Akademie věd České republiky. Získané sekvence byly analyzovány v programu BLAST (NCBI) a charakterizovány pomocí komerční soupravy API 20 C AUX (Biomérieux, Francie) a Maldi-TOF-MS. Ve všech případech kromě izolátu K9, byla spolehlivost identifikace velmi vysoká. Při sekvenaci 5.8 rRNA se izoláty překvapivě navzájem lišily již velikostí sekvenovanéhoamplifikátu (PCR produktu). Pro Debaryomyceshansenii (anamorfa C. famata) a Sporobolomycesroseus byly získány PCR produkty o velikosti 600 bp, pro Candidaparapsilosis o velikosti 500 bp, pro Kluyveromycesmarxianus (anamorfa C. kefyr) o velikosti 800 bp a pro Yarrowialipolytica (anamorfa C. lipolytica) o velikosti 350 bp. Za nejméně spolehlivou metodou byla označena při identifikaci kvasinek Maldi-TOF-MS, která v 50 % případů nedokázala spolehlivě identifikovat daný izolát, přestože výsledky byly shodné s analýzou sekvence 5.8S rRNA. Výsledky ukázaly, že není možné kvasinky identifikovat pouze na základě biochemických testů API 20 C AUX. (cs)
|
| Title
| - Identifikace kvasinek v mlékárenských výrobcích pomocí sekvenace ITS1-5.8S-ITS2 rRNA regionu
- Identifikace kvasinek v mlékárenských výrobcích pomocí sekvenace ITS1-5.8S-ITS2 rRNA regionu (cs)
- Identificationofyeast in dairyproducts by sequencingof ITS1-5.8-ITS2 rRNA region (en)
|
| skos:prefLabel
| - Identifikace kvasinek v mlékárenských výrobcích pomocí sekvenace ITS1-5.8S-ITS2 rRNA regionu
- Identifikace kvasinek v mlékárenských výrobcích pomocí sekvenace ITS1-5.8S-ITS2 rRNA regionu (cs)
- Identificationofyeast in dairyproducts by sequencingof ITS1-5.8-ITS2 rRNA region (en)
|
| skos:notation
| - RIV/26722861:_____/13:NE47!RIV14-MZE-26722861
|
| http://linked.open...avai/predkladatel
| |
| http://linked.open...avai/riv/aktivita
| |
| http://linked.open...avai/riv/aktivity
| |
| http://linked.open...vai/riv/dodaniDat
| |
| http://linked.open...aciTvurceVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/druhVysledku
| |
| http://linked.open...iv/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open...titaPredkladatele
| |
| http://linked.open...dnocenehoVysledku
| |
| http://linked.open...ai/riv/idVysledku
| - RIV/26722861:_____/13:NE47
|
| http://linked.open...riv/jazykVysledku
| |
| http://linked.open.../riv/klicovaSlova
| - yeast; sequencing; maldi-TOF-MS (en)
|
| http://linked.open.../riv/klicoveSlovo
| |
| http://linked.open...ontrolniKodProRIV
| |
| http://linked.open...in/vavai/riv/obor
| |
| http://linked.open...ichTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...cetTvurcuVysledku
| |
| http://linked.open...vavai/riv/projekt
| |
| http://linked.open...UplatneniVysledku
| |
| http://linked.open...iv/tvurceVysledku
| - Němečková, Irena
- Demnerová, K.
- Šviráková, E.
- Hanušová, J.
- Purkrtová, S.
- Jebavá, I.
- Savická, D.
|
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)