About: The use of metagenomics and metatranscriptomics for identification of active microorganisms and microbial processes

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: The use of metagenomics and metatranscriptomics for identification of active microorganisms and microbial processes Goto Sponge Distinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=LD12048
Description	The project aims to identify the active microbial community represented by the RNA pool and transcriptionally active in the environment using next-generation-sequencing. The main challenge of the project is the development of protocols that will allow reproducible and reliable work with environmental metatranscriptomes, especially the eukaryotic ones. The information on the taxonomic composition of communities and the abundance of individual taxa will be combined with the assignment of transcriptome-derived sequences to analyse the contribution of individual groups of organisms to the processes in the environment. The combination of genome sequences of selected microbial taxa and model strains with transcriptomics under defined conditions and the specific search for the species-specific sequences will contribute to the understanding of the autecology of individual microbes. The project will also comprise systematic survey of important microbial habitats within a European framework. (en) Projekt je zaměřen na identifikaci aktivních členů mikrobiálních společenstev půdy, na základě analýzy rRNA a mRNA transkriptů metodami next-generation-sequencing. Budou vyvinuty protokoly pro reproducibilní práci s environmentálními metatranskriptomy, zejména pro eukaryotní mikroorganismy. Údaje o taxonomickém složení společenstev a o abundanci jednotlivých taxonů budou kombinovány s anotací sekvencí z transkriptomů, aby bylo možné identifikovat podíl jednotlivých skupin mikroorganismů na environmentálních procesech. Kombinace genomových sekvencí s transkriptomikou za definovaných podmínek a specifická identifikace druhově-specifických sekvencí v metatranskriptomech přispěje k objasnění autekologie vybraných mikroorganismů. Projekt bude rovněž zahrnovat systematický průzkum vybraných půd z hlediska biogeografie mikroorganismů na celoevropské úrovni.
Title	The use of metagenomics and metatranscriptomics for identification of active microorganisms and microbial processes (en) Kombinace přístupů metatranskriptomiky a metagenomiky pro identifikaci aktivních mikroorganismů a jejich funkce v půdě
skos:notation	LD12048
http://linked.open...avai/cep/aktivita	COST CZ
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/LD12048/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/LD12048/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2015-04-29 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	101027426
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	EH - Ekologie - společenstva
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	ecology; next-generation-sequencing; biodiversity; metagenomics; metatranscriptomics; soil ecology (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Mikrobiologický ústav AV ČR, v.v.i.
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	3 (xsd:int)
http://linked.open...lneniVMinulemRoce	2014-03-03 (xsd:date)
http://linked.open.../prideleniPodpory	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/prideleniPodpory/MSMT-7027%2F2012-36
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2015
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2015
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SMSM2012LD2
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DRRVK
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open...ep/ukonceniReseni	2015-06-30 (xsd:date)
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	EE - Mikrobiologie, virologie
http://linked.open...ep/zahajeniReseni	2012-03-01 (xsd:date)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBK
http://linked.open.../cep/klicoveSlovo	ecology biodiversity metagenomics metatranscriptomics next-generation-sequencing
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	SEED 1.1.35 Analysis of soil fungal communities by amplicon pyrosequencing: current approaches to data analysis and the introduction of the pipeline SEED The Variability of the 16S rRNA Gene in Bacterial Genomes and Its Consequences for Bacterial Community Analyses
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LD12048/2012/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LD12048/2013/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LD12048/2014/ico%3A61388971 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/LD12048/2015/ico%3A61388971

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 58 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software