About: Proteins of oxygen evolving complexes of Photosystem II studied by means of molecular modelling

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Proteins of oxygen evolving complexes of Photosystem II studied by means of molecular modelling Goto Sponge Distinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
rdfs:seeAlso	http://www.isvav.cz/projectDetail.do?rowId=GP206/03/D082
Description	In this project a combination of homology and energetic modelling with vibrational spectroscopy will be used for the determination of the structure of several proteins of the oxygen evolving complex bound to photosystem II of higher plants, algae and cyanobacteria. Structural and sequence alignment of the individual proteins of the oxygen evolving complex will be performed to get a basis for homology modelling. Three-dimensional models of oxygen evolving complex proteins will be suggested. During thecourse of modelling, methods of vibrational spectroscopy will be used to get more detailed information about the secondary structure content and the spatial arrangement and interactions of individual acromatic residues. These data will serve as a feedback for the generation of three-dimensional models. For the purpose of vibrational spectroscopy proteins of the oxygen evolving complex will be isolated and isolation protocols will be optimized. Thus, gained models will serve for the detection of (en) V tomto projektu bude využito spojení homologního a energetického modelování s vibrační spektroskopií k určení struktury některých proteinů komplexu vyvíjejícího kyslík vázaného na fotosystém II vyšších rostlin, řas a sinic. Bude provedeno strukturní a sekvenční porovnání jednotlivých proteinů kyslík vyvíjejícího komplexu k získání podkladů pro homologní modelování. Budou navrženy trojrozměrné modely bílkovin kyslík vyvíjejícího komplexu. Během procesu modelování budou využity metody vibrační spektroskopie k získání detailní informace o sekundární struktuře a prostorovém uspořádání a interakci jednotlivých aromatických zbytků. Tyto údaje budou sloužit jako zpětná vazba při tvorbě trojrozměrných modelů. Pro měření metodami vibrační spektroskopie budou izolovány proteiny kyslík vyvíjejícího komplexu a optimalizovány izolační postupy. Získané modely budou sloužit k rozpoznání interakčních ploch a budou využity k fitování do elektronmikroskopických obrazů celého komplexu fotosystému
Title	Proteins of oxygen evolving complexes of Photosystem II studied by means of molecular modelling (en) Studium proteinů kyslík vyvíjejících komplexů fotosystému II metodami molekulárního modelování a vibrační spektroskopie
skos:notation	GP206/03/D082
http://linked.open...avai/cep/aktivita	Post-graduate (doctorate) grants
http://linked.open...kovaStatniPodpora	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP206%2F03%2FD082/celkovaStatniPodpora
http://linked.open...ep/celkoveNaklady	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/projekt/GP206%2F03%2FD082/celkoveNaklady
http://linked.open...datumDodatniDoRIV	2007-10-16 (xsd:date)
http://linked.open...i/cep/druhSouteze	VS - Veřejná soutěž ve výzkumu a vývoji
http://linked.open...ep/duvernostUdaju	S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů
http://linked.open.../cep/fazeProjektu	2498260
http://linked.open...ai/cep/hlavniObor	CE - Biochemie
http://linked.open...hodnoceniProjektu	U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory
http://linked.open...vai/cep/kategorie	ZV - Základní výzkum
http://linked.open.../cep/klicovaSlova	Neuvedeno. (en)
http://linked.open...ep/partnetrHlavni	Ústav fyzikální biologie
http://linked.open...inujicichPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open...cep/pocetPrijemcu	1 (xsd:int)
http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu	0 (xsd:int)
http://linked.open.../pocetVysledkuRIV	7 (xsd:int)
http://linked.open...enychVysledkuVRIV	7 (xsd:int)
http://linked.open...okUkonceniPodpory	2006
http://linked.open...okZahajeniPodpory	2003
http://linked.open...iciPoslednihoRoku	2006
http://linked.open...atUdajeProjZameru	2007
http://linked.open.../vavai/cep/soutez	SGA02003GA2PD
http://linked.open...usZobrazovaneFaze	DUU
http://linked.open...ai/cep/typPojektu	P - Projekt výzkumu a vývoje financovaný ze státního rozpočtu
http://linked.open.../cep/vedlejsiObor	CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie ED - Fyziologie
http://linked.open...jektu+dodavatelem	Structural and sequential comparison of OEC proteins of up to now known primary structures from database with the single OEC proteins from different species (higher plants, algae, cyanobacteria) was performed to determine relationships between the photos (en) Strukturní a sekvenční porovnání proteinů OEC dosavadních známých primárních struktur proteinů z proteinové databáze s jednotlivými proteiny OEC z různých organismů (vyšší rostliny, řasy, sinice) bylo prováděno k určení příbuznosti proteinů mezi jednotli (cs)
http://linked.open...tniCyklusProjektu	ZBBKU
is http://linked.open...vavai/riv/projekt of	The hydrogen bonds between Arg423 and Glu472 and other key residues, Asp443, Ser477, and Pro489, are responsible for the formation and a different positioning of TNP-ATP and ATP within the nucleotide-binding site of Na(+)/K(+)-ATPase Structure and dynamics of the N-terminal loop of PsbQ from photosystem II of Spinacia oleracea Protein of oxygen evolving complexes of photosystem II studied by means of molecular modeling and vibrational spectroscopy The phosphatase activity of the isolated H4-H5 loop of Na+/K+ ATPase resides outside its ATP binding site Phylogenetic analysis of extrinstic proteins of photosystem II Vibrational spectroscopy and computer modeling of proteins: solving structure of Vibrational spectroscopy and computer modeling of proteins: solving structure of alpha(1)-acid glycoprotein
is http://linked.open...vavai/cep/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP206%2F03%2FD082/2003/orjk%3A12640 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP206%2F03%2FD082/2004/orjk%3A12640 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP206%2F03%2FD082/2005/orjk%3A12640 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP206%2F03%2FD082/2006/orjk%3A12640 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/GP206%2F03%2FD082/2007/orjk%3A12640

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 110 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software