| Attributes | Values |
|---|
| rdf:type
| |
| rdfs:seeAlso
| |
| Description
| - Meat quality is economically very important trait, which is potentially suitable for gene-assisted selection. Previous whole genome scans revealed many QTL affecting meat quality traits in pigs. The QTL affecting pH1, pHU, water holding capacity and meat colour was detected by several groups in different populations on porcine chromosome 2q in the region between 55 and 77.9 cM. The aim of this project proposal is fine multimarker association mapping of this chromosome region using SNPs. In the first period about 25 evenly spaced gene-tagged SNPs will be developed. Genotyping and association analyses of these SNPs will be performed in Duroc (n = 700) and Large White (n = 700) cohorts with phenotypic records for pH1, pHU, water holding capacity and meat colour (Minolta). After association analyses positional candidate genes will be selected. Genes will be partially cloned using PCR and the PCR products of Duroc, Large white, Meishan and Piétrain will be comparatively sequenced to reveal polymorphisms in coding and regulatory (promoter and 3’-UTR) regions. About 50 candidate gene-tagged SNPs will be genotyped in aforementioned populations. Association analyses will be performed both with individual SNPs and constructed haplotypes. Hot candidate genes will be studied in detail. (en)
- Mezi významné užitkové vlastnosti vhodné pro selekci pomocí genů patří u prasat jakost masa. Předcházející celogenomové mapování odhalilo řadu kvantitativních lokusů ovlivňujících kvalitu masa. QTL ovlivňující pH1, pHU, vaznost vody a barvu byl několika skupinami na různých populacích detekován na chromozómu 2q v oblasti 55 - 77.9 cM. Cílem návrhu projektu je podrobné asociační mapování pomocí četných jednonukleotidových polymorfismů (SNP). V první etapě bude vyvinuto asi 25 rovnoměrně rozložených SNP v genech ve studované oblasti. Genotypování a asociační studie těchto SNP budou provedeny u kohort plemen duroc (n = 700) a bílé ušlechtilé (n = 700) s fenotypovými hodnotami pro pH1, pHU, vaznost vody a barvu masa (Minolta). Na základě této asociační analýzy budou vybrány poziční kandidátní geny, které budou parciálně klonovány pomocí PCR. Komparativním sekvenováním PCR produktů získaných od prasat plemen duroc, bílé ušlechtilé, meishan a piétrain bude hledán polymorfismus v kódujících a regulačních oblastech (promotor a 3‘ UTR). Asi 50 SNP v kandidátních genech bude genotypováno na výše zmíněných populacích. Asociační analýzy budou provedeny jak s jednotlivými SNP tak s konstruovanými haplotypy. Vytypované kandidátní geny budou studovány podrobně.
|
| Title
| - Fine association mapping of the porcine chromosome 2q region influencing meat quality and study of positional candidate genes (en)
- Podrobné asociační mapování oblasti chromozómu 2q prasete ovlivňující jakost masa a studium pozičních kandidátních genů
|
| skos:notation
| |
| http://linked.open...avai/cep/aktivita
| |
| http://linked.open...kovaStatniPodpora
| |
| http://linked.open...ep/celkoveNaklady
| |
| http://linked.open...datumDodatniDoRIV
| |
| http://linked.open...i/cep/druhSouteze
| |
| http://linked.open...ep/duvernostUdaju
| |
| http://linked.open.../cep/fazeProjektu
| |
| http://linked.open...ai/cep/hlavniObor
| |
| http://linked.open...hodnoceniProjektu
| |
| http://linked.open...vai/cep/kategorie
| |
| http://linked.open.../cep/klicovaSlova
| - QTL; fine; association; mapping; chromosome; 2q; pig; meat; quality (en)
|
| http://linked.open...ep/partnetrHlavni
| |
| http://linked.open...inujicichPrijemcu
| |
| http://linked.open...cep/pocetPrijemcu
| |
| http://linked.open...ocetSpoluPrijemcu
| |
| http://linked.open.../pocetVysledkuRIV
| |
| http://linked.open...enychVysledkuVRIV
| |
| http://linked.open...lneniVMinulemRoce
| |
| http://linked.open.../prideleniPodpory
| |
| http://linked.open...iciPoslednihoRoku
| |
| http://linked.open...atUdajeProjZameru
| |
| http://linked.open.../vavai/cep/soutez
| |
| http://linked.open...usZobrazovaneFaze
| |
| http://linked.open...ai/cep/typPojektu
| |
| http://linked.open...ep/ukonceniReseni
| |
| http://linked.open.../cep/vedlejsiObor
| |
| http://linked.open...ep/zahajeniReseni
| |
| http://linked.open...jektu+dodavatelem
| - Při řešení projektu bylo provedeno podrobné asociační mapování 2q regionu 2. chromozómu prasete, ve kterém se nacházejí QTL pro kvalitu jatečného těla a masa. Studiem kandidátních genů na populacích prasat vzniklých křížením plemen prasat s různým genetickým pozadím byly prokázány vazby mezi kandidátními geny a parametry kvality masa. Pro studie byla použita metoda asociačního mapování. (cs)
- When solving the project, the detailed association mapping of 2q region of second porcine chromosome was carried out. In this region, QTL for carcass and meat quality are located. Study of candidate genes in crossbred porcine populations with different genetic background showed the relationship between candidate genes and meat quality parameters. Method of association mapping was used. (en)
|
| http://linked.open...tniCyklusProjektu
| |
| http://linked.open.../cep/klicoveSlovo
| - QTL
- 2q
- association
- chromosome
- fine
- mapping
- meat
- pig
|
| is http://linked.open...vavai/riv/projekt
of | |
| is http://linked.open...vavai/cep/projekt
of | |
![[RDF Data]](/fct/images/sw-rdf-blue.png)
![[cxml]](/fct/images/cxml_doc.png)
![[csv]](/fct/images/csv_doc.png)
![[text]](/fct/images/ntriples_doc.png)
![[turtle]](/fct/images/n3turtle_doc.png)
![[ld+json]](/fct/images/jsonld_doc.png)
![[rdf+json]](/fct/images/json_doc.png)
![[rdf+xml]](/fct/images/xml_doc.png)
![[atom+xml]](/fct/images/atom_doc.png)
![[html]](/fct/images/html_doc.png)