About: Application of metagenomics and metatranscriptomics for evaluation of microbial diversity of human impacted soils

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Application of metagenomics and metatranscriptomics for evaluation of microbial diversity of human impacted soils Goto Sponge Distinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
Description	The aim of the project is to evaluate diversity of soil microbial community in different ecosystems influenced by human activity (intesive agriculture associated with organic manuring and drying, bare soils after receding of glaciers) with help pf 454 pyrosequencing. The protocols and workflow will be developed, standartized and adopted for amplicon and shot-gun sequencing projects as well as bioinformatics tools for sequence data analysis and annotation in frame of cooperation with abroad partners. Our main tasks will be: a) develop RNA extraction method from soil, deep subsurface horizons of soil, manured soils and perform metatrascriptome studies of active microbial communities in situ or in soil microcosms, and b) to develop tools and methods for soil derived plasmid DNA sequencing and annotation. Our effort will be invested into the support of students and the practical usage of metagenomic and metatranscriptomic tools by researcher and students in our laboratories as well as development of sustainable cooperation in this topic. (en) Cílem projektu je zhodnotit diverzitu půdního mikrobiálního společenstva v rozličných ekosystémech ovlivněných lidskou činností (intenzivní zemědělství související s organickým hnojením a vysušováním, odledňování související s oteplováním klimatu) pomocí 454 pyroskevenování. Budou vyvinuty a standardizovány pracovní postupy pro amplikonové i shotgunové sekvenování, tak jako i bioinformatické nástroje zpracování a anotace sekvencí, ve spolupráci se zahraničními partnery. Našimi hlavními cíli budou a) vyvinout metodu extrakce RNA pro půdy a hluboké vrstvy půd a také pro hnojené půdy a provádět metatraskriptomové studie aktivních mikrobiálních společenstev in situ nebo v půdních mikrokosmech, dále b) vyvinout nástroje pro sekvenování a anotaci plazmidů získaných z půd. Naše úsilí bude věnováno také do podpory a povzbuzení k využívání metagenomiky a metatraskriptomiky výzkumnými pracovníky a studenty v našich laboratořích a vyvíjet udržitelnou spolupráci v této oblasti výzkumu. (cs)
Title	Využití přístupů metagenomiky a metatraskriptomiky k charakterizaci mikrobiální diverzity člověkem ovlivněných půd (cs) Application of metagenomics and metatranscriptomics for evaluation of microbial diversity of human impacted soils (en)
http://linked.open...vai/cislo-smlouvy	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/smlouva/MSMT-9339/2013-311
http://linked.open...avai/druh-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/druh-souteze/VS
http://linked.open...domain/vavai/faze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/faze/54636827
http://linked.open...vavai/hlavni-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/EH
http://linked.open...vavai/id-aktivity	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/aktivita/LD
http://linked.open.../vavai/id-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/soutez/SMSM2013LD3
http://linked.open...n/vavai/kategorie	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/kategorie/1
http://linked.open...vai/klicova-slova	microbial communities; human impacted soil; diversity; next gen sequencing (en)
http://linked.open...avai/konec-reseni	2015-10-31 (xsd:date)
http://linked.open...nujicich-prijemcu	0 (xsd:integer)
http://linked.open...avai/poskytovatel	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/poskytovatel/MSM
http://linked.open...avai/start-reseni	2013-03-21 (xsd:date)
http://linked.open...ai/statni-podpora	1442 (xsd:integer)
http://linked.open...vavai/typProjektu	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/typ/P
http://linked.open...ai/uznane-naklady	1442 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-prijemcu	1 (xsd:integer)
http://linked.open...cet-spoluprijemcu	0 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-vysledku	0 (xsd:integer)
http://linked.open...ku-zverejnovanych	0 (xsd:integer)
is http://linked.open...ain/vavai/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2013/LD13046/ico-60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2014/LD13046/ico-60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2015/LD13046/ico-60077344

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 47 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software