About: Functional role and ecotype divergence in Actinobacteria of the AcI lineage

Facets (new session)
Description
Metadata
Settings
- owl:sameAs
- Inference Rule:

About: Functional role and ecotype divergence in Actinobacteria of the AcI lineage Goto Sponge Distinct Permalink

An Entity of Type : http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt, within Data Space : linked.opendata.cz associated with source document(s)

Attributes	Values
rdf:type	http://linked.opendata.cz/ontology/domain/vavai/Projekt
Description	The high in situ abundances and thecosmopolitan distribution of relatively few phylogenetic lineages ofultramicrobacteria strongly point to their evolutionary success and functionalsignificance at the ecosystem level. Actinobacteria of the AcI lineagerepresents one of this group. We plan metagenomic sequencing of the cultures ofActinobacteria to revel the following: Firstly,we shall seek for genome-based differences of carbon metabolism and substratepreference. Secondly, we will focus on actinorhodopsin genes in the AcI clades,because they suggest a different role of these groups in ecosystem processesthan in other bacteria. Thirdly, genes encoding surface layer proteins seem toconvey particularly high predation resistance in Ac1 bacteria. Genesresponsible for the development of the S-layer (possibly influencing grazing resistance)will be revealed and grazing experiments will be planned based on the resultsof metagenomic sequencing. Real-time PCR assays will be developed and appliedto reveal the distribution of the AcI bacteria encoding actinorhodopsins andthe S-layer. (en) Vysoká in situ abundance a kosmopolitnírozšíření poměrně malého počtu klastrů ultramikrobakterií ukazuje jednoznačněna jejich evoluční úspěšnost a funkční důležitost na úrovni ekosytému.Aktinobakterie z klastru AcI jsou bezesporu takovou skupinou. Plánujemesekvenace metagenomů kultur a přírodních vzorků Aktinobakterií za účelemobjasnění následujících bodů: V první řadě hodláme hledat rozdílyv metabolismu uhlíku v genomech jednotlivých kmenů a jejichpreference pro daný susbstrát. Za druhé se chceme zaměřit na aktinorhodopsinovégeny u AcI klastrů, protože naznačují rozdílnou roli těchto skupinv ekosystémových procesech narozdíl od jiných bakteriálních skupin. Zatřetí plánujeme výzkum genů kódujících povrchové proteiny, které jsou praděpodobnězodpovědné za zvýšenou resistenci Aktinobakterií vůči predaci prvoků. Genyzodpovědné za vývoj takzvané S-vrstvy (pravděpodobně ovlivňující rezistencik predaci) budou detekovány a na základě metagenomické analýzy budouprovedeny predační pokusy. Na základě vývoje a následné aplikace real-time PCRpostupů budeme moci stanovit distribuci AcI bakterií kódujícíchaktinorhodopsiny a S-vrstvu. (cs)
Title	Funkční role a divergence ekotypů u vodních Aktinobakterií skupiny AcI (cs) Functional role and ecotype divergence in Actinobacteria of the AcI lineage (en)
http://linked.open...vai/cislo-smlouvy	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/smlouva/EEF/10/E011
http://linked.open...lsi-vedlejsi-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/EH
http://linked.open...avai/druh-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/druh-souteze/VS
http://linked.open...domain/vavai/faze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/faze/54720495
http://linked.open...vavai/hlavni-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/EB
http://linked.open...vai/vedlejsi-obor	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/obor/EE
http://linked.open...vavai/id-aktivity	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/aktivita/GE
http://linked.open.../vavai/id-souteze	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/soutez/SGA02010GA3EU
http://linked.open...n/vavai/kategorie	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/kategorie/1
http://linked.open...vai/klicova-slova	ultramicrobacteria; genome metagenomic; ecotype; genetic diversity; Actinobacteria (en)
http://linked.open...avai/konec-reseni	2013-12-31 (xsd:date)
http://linked.open...nujicich-prijemcu	0 (xsd:integer)
http://linked.open...avai/poskytovatel	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/poskytovatel/GA0
http://linked.open...avai/start-reseni	2010-01-01 (xsd:date)
http://linked.open...ai/statni-podpora	3159 (xsd:integer)
http://linked.open...vavai/typProjektu	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/typ/P
http://linked.open...ai/uznane-naklady	3159 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-prijemcu	1 (xsd:integer)
http://linked.open...cet-spoluprijemcu	0 (xsd:integer)
http://linked.open...ai/pocet-vysledku	0 (xsd:integer)
http://linked.open...ku-zverejnovanych	0 (xsd:integer)
is http://linked.open...ain/vavai/projekt of	http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2010/GEEEF/10/E011/ico-60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2011/GEEEF/10/E011/ico-60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2012/GEEEF/10/E011/ico-60077344 http://linked.opendata.cz/resource/domain/vavai/cep/ucast/2013/GEEEF/10/E011/ico-60077344

Faceted Search & Find service v1.16.118 as of Jun 21 2024

Alternative Linked Data Documents: ODE Content Formats:

RDF

ODATA

Microdata

About

OpenLink Virtuoso version 07.20.3240 as of Jun 21 2024, on Linux (x86_64-pc-linux-gnu), Single-Server Edition (126 GB total memory, 85 GB memory in use)
Data on this page belongs to its respective rights holders.
Virtuoso Faceted Browser Copyright © 2009-2024 OpenLink Software